ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.3.0034精密化 ADSCQuantumデータ収集 DENZOデータ削減 SCALEPACKデータスケーリング AMoRE位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : GCN4
解像度 : 1.97→18.36 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.935 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.876 / SU B : 9.951 / SU ML : 0.146 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.219 / ESU R Free : 0.216 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.29655 475 4.8 % RANDOM Rwork 0.21163 - - - obs 0.21565 9404 94.68 % - all - 10055 - -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso mean : 36.772 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 0.03 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0 Å2 0 Å2 3- - - -0.04 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.97→18.36 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 1065 0 4 119 1188
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 33) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.019 0.022 1074 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_dX-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.908 2.004 1428 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_degX-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.484 5 127 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.562 27.455 55 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg19.532 15 260 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg17.793 15 4 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.131 0.2 166 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.007 0.02 748 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.243 0.2 503 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.303 0.2 751 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_otherX-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.271 0.2 96 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_otherX-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refined0.09 0.2 1 X-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.251 0.2 43 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.266 0.2 18 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_refinedX-RAY DIFFRACTION r_symmetry_metal_ion_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.842 1.5 636 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_otherX-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it9.27 50 1030 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it20.778 50 438 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it7.607 4.5 397 X-RAY DIFFRACTION r_rigid_bond_restrX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_freeX-RAY DIFFRACTION r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル 解像度 : 1.974→2.025 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.212 19 - Rwork 0.248 391 - obs - - 55.18 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 3) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 6.464 1.6233 3.642 0.5596 1.0787 2.2291 -0.0553 -0.1149 -0.0938 -0.0577 0.0426 -0.0204 -0.042 -0.0398 0.0127 0.012 -0.026 -0.0129 -0.0332 0.0251 -0.0343 4.5288 8.3958 9.9544 2 5.2387 -0.0552 2.6709 0.0831 0.0158 1.4621 0.1007 0.0313 -0.1053 -0.0094 -0.0311 0.0265 0.0648 0.0155 -0.0696 -0.0018 -0.0057 -0.0153 -0.0492 0.0088 -0.0149 5.4654 8.718 5.1219 3 5.3559 0.189 6.6409 0.0513 0.3418 8.4931 -0.4721 0.2896 0.3483 -0.0638 0.0751 0.0341 -0.5727 0.3846 0.397 -0.0065 0.0017 0.0042 0.0096 -0.0013 -0.0015 3.5028 9.7642 12.8767
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 AA67 - 128 3 - 64 2 X-RAY DIFFRACTION 2 BB67 - 131 3 - 67 3 X-RAY DIFFRACTION 3 AC - E 1 - 4 1 4 X-RAY DIFFRACTION 3 BF3 1