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万見
- PDB-2q5r: Structure of apo Staphylococcus aureus D-tagatose-6-phosphate kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q5r
タイトルStructure of apo Staphylococcus aureus D-tagatose-6-phosphate kinase
要素Tagatose-6-phosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / D-tagatose-6-phosphate kinase / phosphoryl transfer / conformational change / kinase / lactose metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-6-phosphate kinase / lactose catabolic process via tagatose-6-phosphate / D-tagatose 6-phosphate catabolic process / tagatose-6-phosphate kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Tagatose-6-phosphate kinase / Tagatose/fructose phosphokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase ...Tagatose-6-phosphate kinase / Tagatose/fructose phosphokinase / pfkB family of carbohydrate kinases signature 1. / pfkB family of carbohydrate kinases signature 2. / Carbohydrate/purine kinase, PfkB, conserved site / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tagatose-6-phosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者McGrath, T.E. / Soloveychik, M. / Romanov, V. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Domagala, M. / Pai, E.F. / Edwards, A.M. / Battaile, K. / Chirgadze, N.Y.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of apo Staphylococcus aureus D-tagatose-6-phosphate kinase
著者: McGrath, T.E. / Soloveychik, M. / Romanov, V. / Thambipillai, D. / Dharamsi, A. / Virag, C. / Domagala, M. / Pai, E.F. / Edwards, A.M. / Battaile, K. / Chirgadze, N.Y.
履歴
登録2007年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tagatose-6-phosphate kinase
B: Tagatose-6-phosphate kinase
C: Tagatose-6-phosphate kinase
D: Tagatose-6-phosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,7814
ポリマ－144,7814
非ポリマー00
水8,989499
1
A: Tagatose-6-phosphate kinase
B: Tagatose-6-phosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3912
ポリマ－72,3912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2850 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area27650 Å2
手法PISA
2
C: Tagatose-6-phosphate kinase
D: Tagatose-6-phosphate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3912
ポリマ－72,3912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area26760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.952, 96.940, 94.485
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is the dimer

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要素

#1: タンパク質
Tagatose-6-phosphate kinase / Phosphotagatokinase


分子量: 36195.324 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: ColA / 遺伝子: lacC / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HE12, tagatose-6-phosphate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG3350, 0.2M sodium thiocyanate, frozen in paratone, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月4日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 146479 / Num. obs: 55270 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.098 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 5686 / Χ2: 0.963 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
JDirectorデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2F02

2f02


解像度: 2.3→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 15.622 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.301 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 2729 4.9 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.218 55227 90.09 %-
all-146479 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0.85 Å2
2---0.39 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9566 0 0 499 10065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0229791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.191.96813316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94251255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.68726.488447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.294151698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.981522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21560
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.24432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.26620
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2593
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0830.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4641.56422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.77210017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.22833771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9544.53289
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 213 -
Rwork0.23 3891 -
obs-4104 93.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1826-0.42930.6884.031-0.33911.32910.11430.0253-0.063-0.0979-0.03220.07520.2141-0.0659-0.0822-0.19130.0220.0534-0.1806-0.0229-0.15684.9251-17.272421.0816
24.12480.63380.65314.0677-0.47194.73020.1647-0.35170.21660.22360.06811.04190.0225-0.5896-0.2328-0.07820.00860.0261-0.0880.05260.1426-6.8518-32.241331.522
31.84931.73450.89923.67271.27412.1184-0.29680.01740.27-0.227-0.04350.3978-0.3186-0.01120.3403-0.16990.0462-0.0649-0.21720.0013-0.13437.551217.158722.6925
43.0054-0.7378-0.813.85152.44356.4737-0.52450.40360.3147-0.9257-0.28311.0742-0.9321-0.45340.80760.4430.006-0.5641-0.14160.03480.30020.271233.663210.8132
54.32220.31250.59230.98580.05054.4954-0.20130.9070.2495-0.28490.16770.081-0.09840.5970.0335-0.1785-0.07540.03870.06390.011-0.186444.36513.93195.7598
66.18061.38224.63536.84311.55547.5094-0.04330.9985-0.19910.43790.42690.87140.63030.4875-0.3836-0.02110.00070.11230.141-0.0287-0.038833.7857-7.68-8.3162
71.2008-0.12771.380.6045-0.46523.62940.02850.0409-0.02550.0611-0.0506-0.1074-0.0123-0.03180.0222-0.2378-0.00190.0391-0.18430.0021-0.191844.36440.629739.9019
85.0362.2885-0.95856.0437-0.11153.11850.16940.00930.57090.1037-0.09130.5794-0.2842-0.9063-0.078-0.14410.06130.05310.0748-0.0368-0.101632.73299.035856.5685
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 19321 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2AA194 - 310214 - 330
3X-RAY DIFFRACTION3BB1 - 19321 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4BB194 - 310214 - 330
5X-RAY DIFFRACTION5CC1 - 19321 - 213
6X-RAY DIFFRACTION6CC194 - 310214 - 330
7X-RAY DIFFRACTION7DD1 - 19321 - 213
8X-RAY DIFFRACTION8DD194 - 310214 - 330

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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