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万見
- PDB-2q4t: Ensemble refinement of the protein crystal structure of a cytosol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q4t
タイトルEnsemble refinement of the protein crystal structure of a cytosolic 5'-nucleotidase III from Mus musculus Mm.158936
要素Cytosolic 5'-nucleotidase III
キーワードHYDROLASE / Ensemble Refinement / Refinement Methodology Development / UMPH-1 / CYTOSOLIC 5'-NUCLEOTIDASE III / NT5C3 PROTEIN / AAH38029 / BC038029 / MM.158936 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / UMP catabolic process / dCMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase ...Pyrimidine catabolism / CMP catabolic process / dTMP catabolic process / UMP catabolic process / dCMP catabolic process / dUMP catabolic process / 7-methylguanosine nucleotidase / adenosine metabolic process / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / transferase activity / nuclear body / nucleotide binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1), N-terminal domain / Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1), N-terminal domain / Pyrimidine 5'-nucleotidase, eukaryotic / Pyrimidine 5'-nucleotidase (UMPH-1) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytosolic 5'-nucleotidase 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / Re-refinement using ensemble model / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
著者: Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of Pyrimidine 5'-Nucleotidase Type 1: INSIGHT INTO MECHANISM OF ACTION AND INHIBITION DURING LEAD POISONING.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Wesenberg, G.E. / McCoy, J.G. / Phillips, G.N.
履歴
登録2007年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年9月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytosolic 5'-nucleotidase III
B: Cytosolic 5'-nucleotidase III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8044
ポリマ－68,3282
非ポリマー4772
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.674, 133.674, 38.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32
モデル数4

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要素

#1: タンパク質 Cytosolic 5'-nucleotidase III / cN-III / Pyrimidine 5'-nucleotidase 1 / P5'N-1 / P5N-1 / PN-I / Lupin


分子量: 34163.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Isoform 1 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nt5c3, VSP_021566 / プラスミド: PVP16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q9D020, 5'-nucleotidase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2BDU.

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CNS1.1位相決定
精密化構造決定の手法: Re-refinement using ensemble model
開始モデル: PDB entry 2BDU

2bdu


解像度: 2.35→43.755 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1771130.875 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: maximum likelihood using amplitudes
詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 2bdu and the first data set in the deposited structure factor file for 2bdu ...詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 2bdu and the first data set in the deposited structure factor file for 2bdu along with the R-free set defined therein. The coordinates were generated by an automated protocol from an initial model consisting of 4 identical copies of the protein and non-water hetero-atoms assigned fractional occupancies adding up to one, and a single copy of the solvent molecules. Refinement was carried out with all the conformers present simultaneously and with the potential energy terms corresponding to interactions between the different conformers excluded. The helix and sheet records were calculated using coordinates from the first conformer only. The structure visualization program PYMOL is well-suited for directly viewing the ensemble model presented in this PDB file.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1619 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.173 31910 98.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.482 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 41.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→43.755 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4652 0 30 359 5041
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.892
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.542.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.35-2.50.2782595.20.20847240.0175425498391.9
2.5-2.690.2842745.10.20450720.0175376534699.4
2.69-2.960.3062684.90.1951540.0195436542299.7
2.96-3.390.26326750.18451020.0165377536999.9
3.39-4.270.2372634.90.17651470.01554115410100
4.27-43.760.2072885.40.14650920.0125384538099.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3epe_xplor_par.txt

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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