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- PDB-2q2h: Crystal structure of the protein secretion chaperone CsaA from Ag... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q2h
タイトルCrystal structure of the protein secretion chaperone CsaA from Agrobacterium tumefaciens with a genetically fused phage-display derived peptide substrate at the N-terminus.
要素Secretion chaperone, phage-display derived peptide
キーワードCHAPERONE / beta barrel / OB fold / homodimer / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


Probable chaperone CsaA / : / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CITRIC ACID / Secretion chaperone / :
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Feldman, A.R. / Shapova, Y.A. / Paetzel, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Phage display and crystallographic analysis reveals potential substrate/binding site interactions in the protein secretion chaperone CsaA from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Feldman, A.R. / Shapova, Y.A. / Wu, S.S. / Oliver, D.C. / Heller, M. / McIntosh, L.P. / Scott, J.K. / Paetzel, M.
履歴
登録2007年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The N-terminal 19 residues 'GSHMVPGQKQHYVQPTAAN' correspond to a phage-display derived ...SEQUENCE The N-terminal 19 residues 'GSHMVPGQKQHYVQPTAAN' correspond to a phage-display derived peptide, which is fused to the Secretion chaperone protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secretion chaperone, phage-display derived peptide
B: Secretion chaperone, phage-display derived peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5915
ポリマ－28,2802
非ポリマー3103
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area11090 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.528, 60.528, 115.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Secretion chaperone, phage-display derived peptide / AGR_C_4014p


分子量: 14140.181 Da / 分子数: 2
断片: fusion protein of a phage-display derived peptide and secretion chaperone protein
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. C58 (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58/ATCC 33970 / 遺伝子: csaA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UDB9, UniProt: A9CI62*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG 4000, 0.4 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月27日 / 詳細: VariMax Cu HF
放射モノクロメーター: nickel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→23.86 Å / Num. all: 25681 / Num. obs: 25681 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.71 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 30 / Scaling rejects: 1109
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 4.47 % / Rmerge(I) obs: 0.162 / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. measured all: 6400 / Num. unique all: 1427 / Χ2: 1.16 / % possible all: 49.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0SSIデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1gd7

1gd7


解像度: 1.65→23.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 2.156 / SU ML: 0.043 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.173 1301 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
all0.161 25680 --
obs0.161 25680 89.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→23.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 21 307 2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221749
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1831.9932375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2825221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74224.20369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23715282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1721511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021331
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21200
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0960.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.51150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.69321827
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1553648
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6634.5548
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 49 -
Rwork0.237 962 -
obs-1011 47.11 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.02172.64060.15442.5356-0.02340.71950.0388-0.10940.1101-0.0146-0.01990.11810.0251-0.0591-0.01890.041-0.0001-0.00840.0480.00830.0415-44.6199-30.0461-15.8675
216.2523-0.40696.25213.70441.11785.77340.1141-0.1531-0.04310.0081-0.0594-0.14280.0672-0.044-0.05460.07840.0138-0.01080.0481-0.00420.0221-25.6101-29.9271-9.6992
36.28435.5966-0.27329.40716.202210.123-0.042-0.1039-0.2389-0.06050.006-0.4741-0.39260.33450.0360.05010.02550.0050.04720.01650.0627-18.4835-25.892-6.8459
41.04-0.98694.2592.4414-1.163622.9467-0.047-0.0734-0.0732-0.1451-0.0466-0.09990.2670.13910.09370.0802-0.00770.0110.062-0.00360.0249-15.6789-21.49482.3971
54.1553-3.5491-0.54368.62384.59083.2008-0.0870.11610.2616-0.05610.0568-0.1756-0.10490.09020.03020.04290.0012-0.00730.04950.00650.0461-14.732-11.419515.2544
65.2662-3.64083.33732.7828-2.95623.7-0.2592-0.01740.25130.13170.1455-0.2367-0.3559-0.06980.11370.07560.0023-0.02120.0399-0.00090.0803-23.36670.512611.1093
78.9031-5.2235-0.34776.5859-3.26713.43520.11520.1527-0.309-0.1560.10390.30530.0275-0.3372-0.21910.06350.0159-0.01450.0736-0.02310.0381-26.7476-3.67869.7357
88.0369-1.7346-1.47446.3010.59824.1946-0.17230.1006-0.0472-0.04320.0787-0.2986-0.05340.37270.09370.03220.007-0.00420.08710.01670.0505-9.84-14.70389.6933
912.8397-8.4145-0.13117.47541.46532.34010.04650.24870.2204-0.0022-0.0722-0.3094-0.0530.2110.02580.0421-0.02080.01240.04860.00330.0577-11.3533-10.96196.7145
105.94143.0633-3.15563.7902-0.00183.7085-0.01710.17740.16380.06970.08030.14130.0849-0.3386-0.06320.04410.01270.00410.06040.00070.043-28.1331-8.58712.1298
116.74545.72195.47756.18442.76737.1014-0.0179-0.14970.04960.2607-0.12430.18390.1133-0.04160.14220.0672-0.00640.02260.0566-0.01590.0633-25.7177-10.33919.5268
121.5227-0.64940.38568.04520.30562.0635-0.0495-0.0187-0.03090.2440.03660.27930.024-0.06630.01290.02740.00150.00370.04930.00410.0464-19.0787-15.645217.2394
132.10430.2481-2.36320.0475-0.58167.6698-0.04650.146-0.0167-0.18670.12920.0460.0506-0.1022-0.08260.0817-0.0064-0.00020.0508-0.00360.0349-17.5164-16.5330.7268
140.7869-2.671-1.951313.75463.84576.4831-0.1448-0.03650.0529-0.15490.21790.01180.3216-0.0668-0.07320.07410.0008-0.00830.04250.01080.0373-19.3144-4.1823-1.2781
150.1167-0.31610.04625.25790.22262.33950.0227-0.00680.0294-0.1917-0.0899-0.0889-0.046-0.00850.06730.03810.00470.00240.04910.00950.0565-17.3457-5.59712.7378
168.38172.5234-2.4230.8858-1.1662.2120.00720.02070.1302-0.0058-0.03170.1946-0.0417-0.09580.02450.0411-0.0013-0.0010.0437-0.01870.0778-29.2769-17.47188.0075
178.454-1.67281.74254.13431.22172.46040.03440.18540.16080.121-0.12860.38260.0023-0.27830.09420.0353-0.00510.0140.065-0.0110.0693-33.0002-15.641511.9098
187.4871-0.91160.41351.37250.50372.31850.126-0.3297-0.16370.065-0.0286-0.07920.1150.0254-0.09740.0729-0.0018-0.00340.04870.00780.0373-17.3922-27.083815.4378
199.28896.30466.98557.80396.36866.4467-0.12150.2793-0.2616-0.02640.14410.11470.16020.2228-0.02260.05210.0012-0.00080.0494-0.00050.0379-13.8405-25.42325.8398
2034.8815-0.52912.978912.9229-0.4524.5790.0821-0.21480.6816-0.8399-0.24830.0621-0.43810.2720.16630.24880.007-0.0048-0.0261-0.023-0.0267-18.9729-14.6538-7.3714
2123.23819.2375-4.401216.5445-2.20164.318-0.2889-0.09481.0232-0.66310.06841.2723-0.4989-0.40990.22050.14180.0559-0.05350.0189-0.01720.0685-25.2152-19.8564-6.5991
223.42142.1792-5.1552.9401-3.27129.42680.15990.27270.00490.10530.12170.2333-0.4416-0.2921-0.28160.0409-0.0044-0.00830.073-0.00510.0457-31.675-27.00153.5756
234.4185-0.4403-1.92154.5119-4.07874.9168-0.00360.2106-0.2754-0.1272-0.3793-0.2050.10580.24850.38290.00970.01150.02380.04630.00810.1176-31.2994-42.228110.7257
2430.2124-12.1242-1.408327.987415.22729.98360.0480.6788-0.8558-0.32080.164-1.05471.01880.297-0.2120.06270.09640.12770.01660.10890.2098-23.1593-45.28697.1771
251.5386-0.6190.62852.0241-1.27662.20310.01890.1552-0.0966-0.0834-0.0550.02790.0153-0.12030.03620.030200.01560.071-0.01610.0725-35.596-34.28885.4689
2613.8224-3.22792.06274.6591-2.22924.167-0.0310.26980.0828-0.1271-0.04740.1504-0.1547-0.11530.07840.045-0.0114-0.0030.0684-0.02860.0524-36.9652-34.13710.9749
2712.47221.343314.39276.3520.244616.88350.16230.8146-0.70840.09880.1393-0.7580.22550.7426-0.30160.0210.01860.02280.04610.00360.1928-21.3551-40.15717.5206
2815.2174-2.4118-2.53524.1262-3.26414.01170.3455-0.3611-1.17950.1639-0.1971-0.69930.0969-0.0512-0.14850.127-0.0881-0.1315-0.0090.08640.1577-20.9644-38.977815.924
2911.21143.26150.671510.68330.89176.28420.2681-0.9417-0.51070.8133-0.4009-0.5484-0.09570.1370.13280.1051-0.0666-0.00990.08310.07250.0805-29.0072-37.316616.4935
300.811-0.2223-0.82760.0710.44975.79180.06960.0361-0.07330.02480.0290.0311-0.0998-0.0275-0.09850.0647-0.0133-0.01090.044-0.00460.0475-28.398-29.75741.734
311.0732-2.37420.164511.2593-4.06218.1871-0.2166-0.0239-0.2788-0.0348-0.04180.11920.0681-0.18260.25840.0342-0.00270.01940.0517-0.01410.0924-27.0701-42.2006-6.5952
329.9381-15.0824-3.244354.6788-5.68654.6004-0.22410.5499-0.491-0.374-0.4265-0.16220.4388-0.31770.65060.0492-0.04460.03240.0557-0.07590.0936-29.772-43.5381-2.3334
333.72892.24241.00363.43282.46711.9364-0.0424-0.2227-0.18790.05660.0469-0.23820.0953-0.1081-0.00450.04880.0047-0.00680.04230.01860.0776-19.0177-31.30956.6698
3425.7524-6.08641.33045.6323-0.91042.0298-0.04040.2358-0.55350.2777-0.0635-0.62850.35770.16750.10390.05960.0243-0.0380.04150.01260.1258-15.67-33.270511.7187
354.2209-0.60751.36740.6221-0.63910.80890.1164-0.1416-0.0912-0.0245-0.10060.1176-0.0162-0.1396-0.01580.061-0.0163-0.0030.0481-0.0120.0574-31.428-22.221814.393
3615.563912.0869-4.456110.9704-3.45435.362-0.34360.56550.2114-0.2210.3013-0.0598-0.165-0.16340.04220.0402-0.002-0.01290.0378-0.01570.0512-32.6723-21.93424.1683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - -1
2X-RAY DIFFRACTION2A2 - 7
3X-RAY DIFFRACTION3A8 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4A13 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5A18 - 23
6X-RAY DIFFRACTION6A24 - 29
7X-RAY DIFFRACTION7A30 - 36
8X-RAY DIFFRACTION8A37 - 43
9X-RAY DIFFRACTION9A44 - 49
10X-RAY DIFFRACTION10A50 - 55
11X-RAY DIFFRACTION11A56 - 60
12X-RAY DIFFRACTION12A61 - 67
13X-RAY DIFFRACTION13A68 - 73
14X-RAY DIFFRACTION14A74 - 79
15X-RAY DIFFRACTION15A80 - 86
16X-RAY DIFFRACTION16A87 - 92
17X-RAY DIFFRACTION17A93 - 100
18X-RAY DIFFRACTION18A101 - 107
19X-RAY DIFFRACTION19A108 - 113
20X-RAY DIFFRACTION20B3 - 8
21X-RAY DIFFRACTION21B9 - 13
22X-RAY DIFFRACTION22B14 - 19
23X-RAY DIFFRACTION23B20 - 25
24X-RAY DIFFRACTION24B26 - 35
25X-RAY DIFFRACTION25B36 - 42
26X-RAY DIFFRACTION26B43 - 48
27X-RAY DIFFRACTION27B49 - 54
28X-RAY DIFFRACTION28B55 - 59
29X-RAY DIFFRACTION29B60 - 65
30X-RAY DIFFRACTION30B66 - 73
31X-RAY DIFFRACTION31B74 - 79
32X-RAY DIFFRACTION32B80 - 84
33X-RAY DIFFRACTION33B85 - 93
34X-RAY DIFFRACTION34B94 - 100
35X-RAY DIFFRACTION35B101 - 107
36X-RAY DIFFRACTION36B108 - 113

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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