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- PDB-2q28: Crystal structure of oxalyl-coA decarboxylase from Escherichia co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q28
タイトルCrystal structure of oxalyl-coA decarboxylase from Escherichia coli in complex with adenosine-5`-diphosphate
要素oxalyl-CoA decarboxylase
キーワードLYASE / OXALYL-COA DECARBOXYLASE / OXALATE DEGRADATION / THIAMINE DIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxalyl-CoA decarboxylase / oxalyl-CoA decarboxylase activity / oxalate catabolic process / fatty acid alpha-oxidation / cellular response to acidic pH / thiamine pyrophosphate binding / ADP binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain ...Oxalyl-CoA decarboxylase / TPP-binding domain containing protein HACL1-like / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Oxalyl-CoA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Werther, T. / Zimmer, A. / Wille, G. / Hubner, G. / Weiss, M.S. / Konig, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2010
タイトル: New insights into structure-function relationships of oxalyl CoA decarboxylase from Escherichia coli.
著者: Werther, T. / Zimmer, A. / Wille, G. / Golbik, R. / Weiss, M.S. / Konig, S.
履歴
登録2007年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: oxalyl-CoA decarboxylase
B: oxalyl-CoA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,86216
ポリマ－121,2782
非ポリマー2,58514
水16,069892
1
A: oxalyl-CoA decarboxylase
B: oxalyl-CoA decarboxylase
ヘテロ分子

A: oxalyl-CoA decarboxylase
B: oxalyl-CoA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,72532
ポリマ－242,5564
非ポリマー5,16928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area34360 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area64850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.270, 143.620, 147.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-4250-

HOH

21A-4342-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer (dimer of dimers) generated from dimer in the asymmetric unit by the operations: -x, y, -1/2-z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 oxalyl-CoA decarboxylase


分子量: 60638.957 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: yfdU / プラスミド: pMS470-115/6/5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0AFI0, oxalyl-CoA decarboxylase

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非ポリマー , 7種, 906分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#5: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.41 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.75M ammonium sulfate, 0.005M adenosine diphosphate, 0.0025M thiamine diphosphate, 0.0025 mM magnesium sulfate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.93001 Å
検出器タイプ: MAR CCD 225 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月7日
放射モノクロメーター: Double crystal Si[111], horizontally focussing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→99 Å / Num. obs: 143107 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.041 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.74-1.776.80.86770850.971100
1.77-1.86.80.76171110.967100
1.8-1.846.90.65870750.987100
1.84-1.876.90.5870961.007100
1.87-1.9270.49571391.029100
1.92-1.9670.38670941.048100
1.96-2.017.10.3471101.037100
2.01-2.067.20.27571101.061100
2.06-2.127.20.23271311.064100
2.12-2.197.20.20370921.05100
2.19-2.277.30.17971881.08100
2.27-2.367.30.15371331.068100
2.36-2.477.30.13671251.059100
2.47-2.67.30.11771541.073100
2.6-2.767.30.1171661.084100
2.76-2.987.30.10471731.107100
2.98-3.277.30.09572121.124100
3.27-3.757.30.07672341.087100
3.75-4.727.30.04372730.998100
4.72-997.10.02874060.89698.6

-
位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.91 Å21.56 Å
Translation1.91 Å21.56 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.74→20.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.836 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 1436 1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.178 142512 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→20.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8294 0 158 892 9344
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.98311702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.57151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.26924.551356
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.541151390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2941552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21336
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026462
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.24368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.26004
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7421.55607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18428772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05233367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2724.52930
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 132 -
Rwork0.243 10275 -
obs-10407 99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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