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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q22 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein (YP_323524.1) from Anabaena variabilis ATCC 29413 at 2.11 A resolution | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / YP_323524.1 / uncharacterized protein / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
機能・相同性 | Protein of unknown function DUF1824 / Domain of unknown function (DUF1824) / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Anabaena variabilis ATCC 29413 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein (YP_323524.1) from Anabaena variabilis ATCC 29413 at 2.11 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). SEE REMARK ... THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 3 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2q22.cif.gz | 90.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2q22.ent.gz | 72 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2q22.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2q22_validation.pdf.gz | 478.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2q22_full_validation.pdf.gz | 481.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2q22_validation.xml.gz | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2q22_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/2q22 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: LEU / End label comp-ID: VAL / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 9 - 138 / Label seq-ID: 10 - 139
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 15488.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anabaena variabilis ATCC 29413 (バクテリア) 生物種: Anabaena variabilis / 株: PCC 7937 / 遺伝子: YP_323524.1, Ava_3019 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q3M8Q7 |
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-非ポリマー , 5種, 202分子
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.18 詳細: NANODROP, 5.0% PEG 1000, 48.3% Ethylene glycol, 0.1M Sodium acetate pH 4.18, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837, 0.97939 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月1日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.11→29.841 Å / Num. obs: 28912 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 29.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rsym value: 0.118 / Net I/σ(I): 5.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.11→29.841 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.689 / SU ML: 0.12 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.163 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. PG4, ACT, CL AND EDO ARE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 5. THE DATA APPEAR TWINNED. IT COULD BE DUE TO THE PRESENCE OF PSEUDO-TRANSLATION. REFINEMENT CONSIDERING TWINNING DOES NOT IMPROVE MAPS OR REFINEMENT STATISTICS. AS A RESULT, THE POSSIBLE TWINNING IS NOT CONSIDERED IN THE FINAL REFINEMENT. 6. RESIDUES A/B1-7, C1-8 AND A/B/C81 ARE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE FINAL MODEL.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→29.841 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.11→2.165 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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