PDB-2q1t: Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmF in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q1t

タイトル

Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmF in complex with NAD+ and UDP

要素

Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / ROSSMANN FOLD / PROTEIN-NAD+ COMPLEX / PROTEIN-UDP COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

transferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Harmer, N.J. / King, J.D. / Palmer, C.M. / Maskell, D. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Predicting protein function from structure--the roles of short-chain dehydrogenase/reductase enzymes in Bordetella O-antigen biosynthesis.
著者: King, J.D. / Harmer, N.J. / Preston, A. / Palmer, C.M. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Blundell, T.L. / Maskell, D.J.

履歴

登録	2007年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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関連構造データ

関連構造データ	2pzjC 2pzkC 2pzlC 2pzmC 2q1sC 2q1uC 2q1wC 1bxkS 1keuS 1r6dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2w99-d 3zgj-d 5kos-d 2q1u-d 3oqf-d 5xs6-d 7nbg-1 5vrb-3 5sy3-d 4pyv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

ヘテロ分子

42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

ヘテロ分子

A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	83.442, 78.119, 59.262
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-411- HOH
2	1	A-440- HOH

詳細

The biological assembly is a dimer. The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis 0, y, 0.

#1: タンパク質	Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase 分子量: 41594.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 遺伝子: BbLPS1.16, wbmF / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O87989
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / コメント: UDP*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M bicine, 16 % (w/w) PEG 8000. UDP was added by soaking prior to cryo-protection., pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 36325 / Num. obs: 33895 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.337 / Mean I/σ(I) obs: 2.38 / Num. unique all: 1137 / % possible all: 62.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1BXK, 1KEU, 1R6D

1bxk

1keu

1r6d

解像度: 1.75→28.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / SU B: 4.063 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.116 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1677	-	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.183	36325	-	-
obs	0.18302	33887	93.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-1.1 Å²
2-	-	1.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2544	0	69	209	2822

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	2688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.746	1.98	3674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.078	5	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.575	24.174	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.653	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.06	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1836
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.223	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.825	1.5	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.278	2	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.902	3	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.705	4.5	1007

LS精密化シェル

解像度: 1.752→1.797 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数	%反射
R_work	0.264	1688	-
obs	-	-	63.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2885	-11.3677	4.925	108.1995	-31.1346	38.0074	-0.158	0.0191	0.9034	1.8978	0.1315	3.1502	0.3406	1.0316	0.0265	-0.2463	0.1514	0.0902	-0.1146	0.1157	-0.1381	-7.6433	56.3901	61.1986
2	3.3874	-0.2246	-2.1861	0.7403	-0.178	6.2091	-0.4082	-0.709	-0.2266	0.342	0.2322	-0.2576	0.6042	0.7058	0.176	-0.1255	0.2384	-0.0419	-0.12	0.0645	-0.449	0.4181	52.0669	53.5946
3	5.3945	-3.5707	-2.2638	2.42	1.1377	3.2523	-0.3586	-0.2612	-0.6006	0.3329	0.1972	-0.3384	0.4275	0.7021	0.1613	-0.0083	0.1754	0.026	-0.1776	0.0943	-0.2951	3.049	44.196	45.5059
4	2.1129	-0.2909	-0.9097	1.2547	-0.1978	3.9168	-0.1791	-0.3253	-0.2274	0.2377	0.0831	-0.1571	0.4866	0.307	0.096	-0.0752	0.0973	0.0437	-0.271	0.0383	-0.2549	-4.4008	47.4403	40.9894
5	2.8687	-0.4941	-0.0685	2.6371	0.5319	4.4389	-0.2787	-0.3163	0.1653	0.0486	0.1444	-0.1234	0.0976	-0.1324	0.1342	-0.2006	0.0918	0.0131	-0.1912	-0.0217	-0.3783	-11.6795	57.8364	46.006
6	2.7589	-2.2698	-6.6292	4.8577	3.6249	17.0476	0.0959	-0.1843	0.5684	0.1711	0.2497	-0.7002	-0.6203	0.6043	-0.3456	-0.1142	-0.0463	-0.0682	-0.261	0.0035	-0.1564	-5.0693	68.7346	27.8543
7	2.0051	-0.5994	-0.6437	2.3976	0.5311	5.2602	-0.1311	-0.1118	0.2961	0.074	0.0817	-0.0785	-0.0604	0.0379	0.0494	-0.1823	0.039	-0.0129	-0.304	-0.0157	-0.2943	-9.0743	60.1373	36.8502
8	4.0389	-0.4986	0.8439	2.1441	1.4544	6.7339	-0.0796	-0.104	-0.1514	0.0898	-0.0092	-0.2827	0.2785	0.4676	0.0889	-0.3282	0.1729	-0.0363	-0.0896	0.0146	-0.2711	16.1957	53.7396	38.5003
9	23.0557	-9.0643	11.6246	21.0371	-5.3218	15.4587	-0.0965	0.7376	-0.6143	-0.6333	0.1912	-0.8864	0.9394	0.4354	-0.0947	-0.1361	0.0986	0.0378	0.3421	-0.0139	0.1732	28.9269	57.75	37.5982
10	21.0227	4.854	-5.444	9.3104	-7.9902	6.9456	-0.7523	1.0558	-1.1101	-1.2683	0.0931	-0.3788	1.211	0.6341	0.6592	-0.1341	0.0529	-0.1055	0.0669	0.0177	0.0403	18.8642	69.1537	32.7093
11	15.0206	3.2274	-8.9684	12.3384	-7.2544	12.0146	0.2373	-0.6355	0.8653	0.0981	0.0591	-0.015	-0.3744	0.7322	-0.2964	-0.4124	0.0974	-0.1572	-0.0973	-0.1635	-0.3684	10.1375	64.2128	47.1541
12	3.9371	0.5055	0.3078	1.7688	0.6489	2.1133	-0.1716	-0.4828	0.4611	0.3083	0.1665	0.008	-0.0635	0.0861	0.0051	-0.2175	0.1107	-0.0621	-0.177	-0.099	-0.329	-3.2912	65.295	49.1552
13	36.2862	-9.2213	-24.9026	2.7695	5.9176	25.7829	0.7548	0.771	1.5927	-0.0187	-0.812	-0.2108	-0.9856	-0.5927	0.0572	-0.1729	-0.047	-0.098	0.1283	-0.0657	-0.0145	15.704	71.8922	40.5536
14	5.913	-1.8819	0.6738	5.7273	-6.119	6.8751	0.2557	-0.4766	0.4348	0.2902	-0.5843	-0.6404	-0.3728	0.7845	0.3286	-0.0634	0.043	-0.1151	0.2388	-0.0396	0.1839	26.0236	65.8116	44.2271
15	34.9069	-9.3026	6.4251	27.477	-12.5886	12.2838	0.287	0.0245	0.659	-0.2097	-0.0185	-1.2289	-0.5609	1.0059	-0.2685	0.1551	0.0024	-0.0007	0.4237	-0.0904	0.4357	30.6219	67.4591	36.189
16	10.5119	-6.1378	7.9759	13.1082	-9.5771	17.0281	0.2458	0.2759	-0.3205	-0.2717	-0.2833	0.07	-0.1466	-0.0387	0.0375	0.1101	-0.0928	0.0848	0.0265	-0.0082	0.1059	19.078	78.3977	29.3723
17	14.8815	2.6585	-1.4778	12.0477	3.2946	9.012	-0.4027	-0.0418	1.0078	-0.3297	0.1292	-0.3546	-0.3353	1.0397	0.2735	0.0576	0.0297	-0.1101	0.0279	-0.1355	-0.006	-0.5331	74.4003	46.844
18	22.529	-8.3858	-0.8891	3.806	1.3399	1.7926	0.0583	-0.5742	1.4182	0.181	0.141	-0.2688	-0.2417	0.3101	-0.1993	-0.0001	0.0591	-0.1479	0.0978	-0.1649	-0.0469	6.5895	69.6268	51.7176
19	6.0926	-0.7187	-0.5153	7.6811	4.7779	10.9605	-0.0501	-0.2305	-0.4138	-0.0657	0.0863	-0.6044	0.2699	0.8263	-0.0362	-0.1528	0.1671	-0.0629	0.1498	0.1161	0.0079	20.4677	49.3373	44.9879
20	15.8238	-21.1674	-0.2563	31.6581	-10.0508	59.8142	0.2819	0.5797	-0.7693	-0.6036	-0.1034	-0.7784	0.5833	2.2601	-0.1785	0.3072	0.0275	0.1236	0.3882	-0.1234	0.3827	18.9795	45.8356	25.3583

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	9 - 12	29 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	13 - 38	33 - 58
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	39 - 52	59 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	53 - 117	73 - 137
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	118 - 148	138 - 168
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	149 - 157	169 - 177
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	158 - 189	178 - 209
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	190 - 223	210 - 243
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	224 - 229	244 - 249
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	230 - 238	250 - 258
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	239 - 244	259 - 264
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	245 - 268	265 - 288
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	269 - 273	289 - 293
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	274 - 286	294 - 306
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	287 - 292	307 - 312
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	293 - 300	313 - 320
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	305 - 312	325 - 332
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	313 - 327	333 - 347
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	A	328 - 350	348 - 370
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	A	351 - 355	371 - 375

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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