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- PDB-2q1s: Crystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmF in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1s
タイトルCrystal structure of the Bordetella bronchiseptica enzyme WbmF in complex with NADH
要素Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / ROSSMANN FOLD / PROTEIN-NADH COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD-dependent epimerase/dehydratase / NAD dependent epimerase/dehydratase family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Harmer, N.J. / King, J.D. / Palmer, C.M. / Maskell, D. / Blundell, T.L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Predicting protein function from structure--the roles of short-chain dehydrogenase/reductase enzymes in Bordetella O-antigen biosynthesis.
著者: King, J.D. / Harmer, N.J. / Preston, A. / Palmer, C.M. / Rejzek, M. / Field, R.A. / Blundell, T.L. / Maskell, D.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Cloning, expression, purification and preliminary crystallographic analysis of the short-chain dehydrogenase enzymes WbmF, WbmG and WbmH from Bordetella bronchiseptica.
著者: Harmer, N.J. / King, J.D. / Palmer, C.M. / Preston, A. / Maskell, D.J. / Blundell, T.L.
履歴
登録2007年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2602
ポリマ－41,5951
非ポリマー6651
水4,468248
1
A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase
ヘテロ分子

A: Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5214
ポリマ－83,1902
非ポリマー1,3312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5270 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25960 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)83.186, 77.875, 59.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-448-

HOH

詳細The biological assembly is a dimer. The second part of the biological assembly is generated by rotation around the two fold axis 0, y, 0, followed by a translation of 0, 0, 1.

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要素

#1: タンパク質 Putative nucleotide sugar epimerase/ dehydratase


分子量: 41594.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BbLPS1.16, wbmF / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O87989
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M bicine, 16 % (w/w) PEG 8000, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月18日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 57672 / Num. obs: 57271 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 29.5
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.658 / Mean I/σ(I) obs: 1.83 / Num. unique all: 2698 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1BXK, 1KEU, 1R6D

1bxk

1keu

1r6d


解像度: 1.5→38.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.087 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22622 2854 5 %RANDOM
Rwork0.19185 ---
all0.194 57672 --
obs0.19358 54327 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.882 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.6 Å2
2--1.2 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→38.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 44 248 2856
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222705
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6171.9663695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.1845345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.38224.188117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31315423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.9141514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022051
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.21268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9891.51711
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58822709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02631118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.864.5980
LS精密化 シェル解像度: 1.499→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.39 238 -
Rwork0.363 3866 -
obs--96.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.3054-2.6870.603320.93379.08564.2577-0.34290.4257-0.7637-0.7876-0.05250.37480.50370.68860.39540.0219-0.0752-0.01410.03990.1016-0.150630.777917.3519-4.8948
23.4102-0.4233-1.40241.40240.39395.4022-0.0850.5301-0.069-0.35950.02790.05370.3525-0.33370.0571-0.0818-0.1535-0.0152-0.1759-0.0025-0.242922.731713.02752.7559
34.7850.34591.5281.4183-0.60190.85220.09730.4904-0.3936-0.2743-0.1169-0.00880.1999-0.54990.0196-0.0126-0.1385-0.024-0.2339-0.0413-0.102720.57715.24710.404
43.5217-0.1768-0.37020.9103-0.32630.8735-0.02550.0333-0.2145-0.1370.04290.03820.28290.0254-0.0174-0.0505-0.06310.0273-0.23680.002-0.154827.71648.367715.3898
53.2698-0.465-0.47091.28970.35874.156-0.190.06250.0708-0.10310.07150.0694-0.01680.20370.1185-0.096-0.09790.0414-0.17120.0017-0.222834.847718.803110.3634
60.24390.42150.95754.00922.4693.96190.24190.19840.48280.15880.14070.5771-0.7773-0.5341-0.38260.00990.0405-0.023-0.09610.0251-0.060528.210429.616228.5829
72.77630.1667-0.67851.2949-0.34733.4594-0.1201-0.07370.2275-0.07820.09140.00690.02740.05310.0287-0.1218-0.03980.0166-0.2120.0062-0.206632.389820.979919.5039
82.4384-0.29090.75851.743-0.45791.696-0.0126-0.194-0.0381-0.1799-0.04330.31560.1398-0.29920.056-0.2749-0.1222-0.0405-0.0920.0172-0.18767.081214.444117.9697
910.6112.34441.77587.839611.644817.59080.3997-0.4823-0.392.70050.1120.89221.4825-0.6643-0.5117-0.1387-0.257-0.0511-0.01970.0567-0.0221-5.838218.752818.9336
1019.5739-3.9706-10.76312.27235.868715.1774-0.7632-1.7587-0.04-0.0145-0.15080.29340.93090.50390.914-0.281-0.01790.0541-0.13-0.119-0.07434.079130.32723.7217
116.3993-1.69111.95817.60835.24479.2695-0.22140.23820.2866-0.19270.14420.27920.1701-0.17020.0772-0.2244-0.0583-0.076-0.13880.086-0.144312.988325.13729.2215
124.8603-0.14450.75970.66520.07581.348-0.07490.44850.2523-0.23270.10740.014-0.1196-0.1471-0.0325-0.1086-0.0731-0.0249-0.1860.0875-0.190126.458526.21677.2297
131.1222-2.671.24726.3528-2.96761.3862-0.2558-0.11330.71460.23920.02950.3727-0.081-0.26830.22630.0407-0.0218-0.0240.08760.02550.10637.380333.241916.1371
148.4409-3.4987-6.12581.85371.57196.76380.38840.08030.00340.4636-0.23280.4209-0.2007-0.7371-0.1557-0.414-0.038-0.1012-0.14190.1058-0.027-2.944226.67312.2225
1520.5332.9533-0.431913.80885.45712.2851-0.03261.1691.1243-0.26190.03361.6567-0.89780.2944-0.0010.0313-0.0834-0.03010.07290.05330.0772-7.97927.999219.4213
161.89470.6255-0.57574.08982.10731.5341-0.60781.7930.0515-0.58720.50750.07220.1917-0.07810.1004-0.01520.13390.0337-0.1678-0.06630.05394.212639.098926.7874
177.1474-1.9739-8.14112.61563.609110.1674-0.1736-0.6490.70080.5896-0.18080.9368-0.0812-1.38480.35440.02560.0099-0.1513-0.11980.12780.063121.376635.477813.4605
1814.26993.1592-0.82313.18530.6763.3904-0.15481.51980.5557-0.14630.18320.3338-0.4573-0.4236-0.0284-0.058-0.0138-0.1159-0.22010.197-0.188816.224330.52114.5935
193.4861-0.4253-1.35881.06021.8493.33970.08770.1966-0.2451-0.241-0.01650.57170.1869-0.5008-0.0712-0.1908-0.1661-0.0913-0.0178-0.025-0.01072.734410.079311.5764
2023.651510.39185.044312.132919.319639.733-1.3339-0.84920.0072.38960.08750.48260.2197-1.54781.2465-0.0746-0.14010.18890.00770.1407-0.09114.28496.458631.5397
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA9 - 1229 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2AA13 - 3833 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3AA39 - 5259 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4AA53 - 11773 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5AA118 - 148138 - 168
6X-RAY DIFFRACTION6AA149 - 157169 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7AA158 - 189178 - 209
8X-RAY DIFFRACTION8AA190 - 223210 - 243
9X-RAY DIFFRACTION9AA224 - 229244 - 249
10X-RAY DIFFRACTION10AA230 - 238250 - 258
11X-RAY DIFFRACTION11AA239 - 244259 - 264
12X-RAY DIFFRACTION12AA245 - 268265 - 288
13X-RAY DIFFRACTION13AA269 - 273289 - 293
14X-RAY DIFFRACTION14AA274 - 286294 - 306
15X-RAY DIFFRACTION15AA287 - 292307 - 312
16X-RAY DIFFRACTION16AA293 - 300313 - 320
17X-RAY DIFFRACTION17AA301 - 312321 - 332
18X-RAY DIFFRACTION18AA313 - 327333 - 347
19X-RAY DIFFRACTION19AA328 - 350348 - 370
20X-RAY DIFFRACTION20AA351 - 356371 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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