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- PDB-2q1c: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase complexed with calcium a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1c
タイトル2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase complexed with calcium and 2-oxobutyrate
要素2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
キーワードLYASE / FAH-family fold
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase / D-arabinose catabolic process / hydro-lyase activity / protein homotetramerization / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #40 / : / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-KETOBUTYRIC ACID / 2-dehydro-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Barends, T. / Brouns, S. / Worm, P. / Akerboom, J. / Turnbull, A. / Salmon, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insight into substrate binding and catalysis of a novel 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase illustrates common mechanistic features of the FAH superfamily.
著者: Brouns, S.J. / Barends, T.R. / Worm, P. / Akerboom, J. / Turnbull, A.P. / Salmon, L. / van der Oost, J.
履歴
登録2007年5月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3273
ポリマ－33,1851
非ポリマー1422
水1,58588
1
X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子

X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子

X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子

X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,30912
ポリマ－132,7404
非ポリマー5698
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
2
X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子

X: 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6546
ポリマ－66,3702
非ポリマー2844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-24.3 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.290, 129.290, 223.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The biological assembly is a tetramer. A tetramer can be generated with the crystallographic symmetry operators.

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要素

#1: タンパク質 2-keto-3-deoxy-D-arabinonate dehydratase


分子量: 33185.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: kdaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q97UA0
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-2KT / 2-KETOBUTYRIC ACID / 2-OXOBUTANOIC ACID / α-ケト酪酸


分子量: 102.089 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: Na/K phosphate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: osmic mirrors
放射モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→19.5 Å / Num. all: 22992 / Num. obs: 22992 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1Q18

1q18


解像度: 2.8→19.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 10.611 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26565 1156 5 %RANDOM
Rwork0.23953 ---
obs0.24084 21834 97.47 %-
all-21834 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.833 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20 Å20 Å2
2--1.79 Å20 Å2
3----3.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 8 88 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0281.993197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2715290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.18423.846104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86215437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1491520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1660.21055
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.21628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1761106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.24
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1130.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.193111
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3611.51515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.64822373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.3843974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6724.5824
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 79 -
Rwork0.359 1598 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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