PDB-2q02: Crystal structure of a xylose isomerase domain containing protein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q02

タイトル

Crystal structure of a xylose isomerase domain containing protein (stm4435) from salmonella typhimurium lt2 at 2.40 A resolution

要素

Putative cytoplasmic protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Putative cytoplasmic protein / structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

isomerase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative cytoplasmic protein (NP_463296.1) from Salmonella typhimurium LT2 at 2.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2024年10月16日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

Remark 999

SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q02.cif.gz	226.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q02.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/2q02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/2q02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4hgx-2 5y72-1 5d8w-2 6rg0-2 5h6h-1 1s5v-4 5z43-1 3hf8-d 1yvm-d 5d2w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 371240

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: 371240

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative cytoplasmic protein

B: Putative cytoplasmic protein

C: Putative cytoplasmic protein

D: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

C: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
62.5 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

D: Putative cytoplasmic protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
62.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.500, 95.230, 136.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D
9	1	A
10	1	B
11	1	C
12	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLY	GLY	PHE	PHE	2	A	A	0 - 75	1 - 76
2	1	GLY	GLY	PHE	PHE	2	B	B	0 - 75	1 - 76
3	1	MSE	MSE	PHE	PHE	2	C	C	1 - 75	2 - 76
4	1	GLY	GLY	PHE	PHE	2	D	D	0 - 75	1 - 76
5	2	LEU	LEU	LEU	LEU	2	A	A	89 - 175	90 - 176
6	2	LEU	LEU	LEU	LEU	2	B	B	89 - 175	90 - 176
7	2	LEU	LEU	LEU	LEU	2	C	C	89 - 175	90 - 176
8	2	LEU	LEU	LEU	LEU	2	D	D	89 - 175	90 - 176
9	3	ILE	ILE	GLN	GLN	4	A	A	187 - 271	188 - 272
10	3	ILE	ILE	GLN	GLN	4	B	B	187 - 271	188 - 272
11	3	ILE	ILE	GLN	GLN	4	C	C	187 - 271	188 - 272
12	3	ILE	ILE	GLN	GLN	4	D	D	187 - 271	188 - 272

#1: タンパク質	Putative cytoplasmic protein 分子量: 31102.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium LT2 (サルモネラ菌) 生物種: Salmonella typhimurium / 株: LT2, SGSC1412 / 遺伝子: NP_463296.1, STM4435 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8ZK48
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NANODROP, 20.0% Glycerol, 0.16M Mg(OAc)2, 16.0% PEG 8000, 0.1M Cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162, 0.97922, 0.97894

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97922	1
3	0.97894	1

反射

解像度: 2.4→29.386 Å / Num. obs: 48661 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 44.32 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.83

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.4-2.49		0.322	2.4	15045	9080	92.4
2.49-2.58		0.283	2.8	14220	8428	99.8
2.58-2.7		0.237	3.6	15493	9522	98.8
2.7-2.84		0.188	4.3	15623	9202	99.8
2.84-3.02		0.137	5.8	16352	9539	99.8
3.02-3.25		0.102	7.8	15959	9264	99.7
3.25-3.58		0.069	11.2	15666	9398	99.1
3.58-4.09		0.048	15.9	14889	9176	98.3
4.09-5.14		0.033	20.8	16275	9354	99.7
	5.14	0.025	23	16814	9424	98.4

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.386 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 17.462 / SU ML: 0.206 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.407 / ESU R Free: 0.244
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.228	2435	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	48605	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.088 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.386 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8552	0	27	236	8815

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	8753
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.333	1.968	11859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.82	3	18722
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.99	5	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.112	24.172	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.895	15	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.184	15	73
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1781
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	8319
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	4243
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	5124
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.07	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.228	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.104	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.114	3	5975
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.433	3	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.533	5	8766
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.504	8	3576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.625	11	3087

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	948	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	B	948	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	948	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
4	D	948	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	2749	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
2	B	2749	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
3	C	2749	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
4	D	2749	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
1	A	948	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
2	B	948	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
3	C	948	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
4	D	948	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	A	2749	MEDIUM THERMAL	0.63	2
2	B	2749	MEDIUM THERMAL	0.71	2
3	C	2749	MEDIUM THERMAL	0.64	2
4	D	2749	MEDIUM THERMAL	0.65	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	186	-
R_work	0.251	3230	-
obs	-	3416	96.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6942	-0.5256	-0.3191	2.0677	-0.8819	1.5933	-0.022	-0.1685	0.0571	-0.035	-0.1191	-0.1228	0.2648	0.4098	0.1411	-0.0676	0.0921	0.0437	-0.0008	0.0589	-0.1185	67.062	84.187	36.06
2	1.5182	-0.2774	0.8421	3.5924	0.0163	2.0047	-0.1713	-0.0983	0.1349	-0.0023	0.0307	0.1307	-0.4175	-0.4919	0.1407	-0.0556	0.1095	-0.0386	-0.0398	-0.0369	-0.0966	58.709	90.734	67.114
3	1.6212	-0.0355	0.1024	1.9903	0.0449	1.2098	0.0029	-0.0957	-0.2691	0.2312	-0.0235	-0.0367	0.1783	0.085	0.0206	-0.1321	0.0178	0.0082	-0.1794	0.0168	-0.1008	52.445	46.545	65.169
4	2.922	0.4042	-0.3636	1.186	-0.1641	1.6362	-0.0772	0.3544	0.3497	-0.0855	0.0469	0.2071	-0.0495	-0.3304	0.0303	-0.1377	0.0154	-0.0084	-0.1001	0.0445	-0.0352	23.096	77.127	37.038

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 271	11 - 272
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 271	1 - 272
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 271	2 - 272
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	0 - 271	1 - 272

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