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- PDB-2pzx: Structure of the methuselah ectodomain with peptide inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pzx
タイトルStructure of the methuselah ectodomain with peptide inhibitor
要素G-protein coupled receptor Mth
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR G protein-coupled receptor ectodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to paraquat / G protein-coupled peptide receptor activity / synaptic vesicle exocytosis / response to starvation / G protein-coupled receptor activity / response to reactive oxygen species / determination of adult lifespan / peptide binding / presynapse / response to heat ...response to paraquat / G protein-coupled peptide receptor activity / synaptic vesicle exocytosis / response to starvation / G protein-coupled receptor activity / response to reactive oxygen species / determination of adult lifespan / peptide binding / presynapse / response to heat / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methuselah ectodomain, domain 2 / Methuselah ectodomain, domain 2 / Methuselah Ectodomain; Chain: A, domain 1 / Methuselah Ectodomain; Chain: A, domain 1 - #11 / Methuselah, N-terminal domain / Methuselah ectodomain, domain 2 / Methuselah, N-terminal domain superfamily / Methuselah ectodomain, domain 1 / Methuselah N-terminus / GPCR, family 2, secretin-like ...Methuselah ectodomain, domain 2 / Methuselah ectodomain, domain 2 / Methuselah Ectodomain; Chain: A, domain 1 / Methuselah Ectodomain; Chain: A, domain 1 - #11 / Methuselah, N-terminal domain / Methuselah ectodomain, domain 2 / Methuselah, N-terminal domain superfamily / Methuselah ectodomain, domain 1 / Methuselah N-terminus / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Beta Complex / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
G-protein coupled receptor Mth
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者West Jr., A.P. / Ja, W.W. / Delker, S.L. / Bjorkman, P.J. / Benzer, S. / Roberts, R.W.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2007
タイトル: Extension of Drosophila melanogaster life span with a GPCR peptide inhibitor.
著者: Ja, W.W. / West, A.P. / Delker, S.L. / Bjorkman, P.J. / Benzer, S. / Roberts, R.W.
履歴
登録2007年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: G-protein coupled receptor Mth
B: G-protein coupled receptor Mth
C: G-protein coupled receptor Mth
D: G-protein coupled receptor Mth


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3434
ポリマ－87,3434
非ポリマー00
水00
1
A: G-protein coupled receptor Mth


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8361
ポリマ－21,8361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: G-protein coupled receptor Mth


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8361
ポリマ－21,8361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: G-protein coupled receptor Mth


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8361
ポリマ－21,8361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: G-protein coupled receptor Mth


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,8361
ポリマ－21,8361
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.233, 94.233, 173.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number77
Space group name H-MP42

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要素

#1: タンパク質
G-protein coupled receptor Mth / Protein methuselah


分子量: 21835.809 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: mth / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: O97148

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.5
詳細: 1.7 M ammonium sulfate 2% w/v PEG 400 0.1 M HEPES-KOH pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0781
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
ReflectionAv σ(I) over netI: 6.2 / 数: 66512 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 1.33 / D res high: 3.5 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 18125 / % possible obs: 95.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
7.422090.810.0591.228
5.947.4294.310.0971.206
5.215.9494.410.1171.347
4.745.2195.310.1361.342
4.44.7495.610.141.503
4.144.495.810.1651.468
3.944.1496.410.1891.335
3.773.9496.810.2581.396
3.623.7796.710.3271.343
3.53.6296.910.371.107
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 18125 / % possible obs: 95.3 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / Rmerge(I) obs: 0.37 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FJR

1fjr


解像度: 3.5→7.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 1208292.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: THE R8-01 15-MER PEPTIDE (FPSSWLQRYYLAKRR) WAS NOT INCLUDED IN THE MODEL. THIS CRYSTAL HAS A STACKING FAULT-TYPE DISORDER, WHICH CAN ONLY BE PARTIALLY MODELED. THE OVERLAPPING NCS-RELATED ...詳細: THE R8-01 15-MER PEPTIDE (FPSSWLQRYYLAKRR) WAS NOT INCLUDED IN THE MODEL. THIS CRYSTAL HAS A STACKING FAULT-TYPE DISORDER, WHICH CAN ONLY BE PARTIALLY MODELED. THE OVERLAPPING NCS-RELATED MOLECULES ARE NECESSARY TO MODEL THE DISORDER. Refinement was done with 8 strict NCS matrices as follows: matrix_1 = ( 1.000000 0.000000 0.000000 ) ( 0.000000 1.000000 0.000000 ) ( 0.000000 0.000000 1.000000 ) vector_1 = ( 0.0000 0.0000 0.0000 ) matrix_2 = ( -0.025450 -0.999672 -0.002776 ) ( -0.999629 0.025476 -0.009636 ) ( 0.009703 0.002530 -0.999950 ) vector_2 = ( 95.7336 93.6049 30.5814 ) matrix_3 = ( 0.999874 -0.015577 -0.003041 ) ( -0.015587 -0.999874 -0.003124 ) ( -0.002992 0.003171 -0.999991 ) vector_3 = ( -46.4752 48.4846 0.7945 ) matrix_4 = ( -0.030796 -0.999466 -0.010894 ) ( 0.999470 -0.030907 0.010218 ) ( -0.010550 -0.010574 0.999888 ) vector_4 = ( 48.9629 -45.9887 -29.5468 ) matrix_5 = ( -0.010011 -0.999911 -0.008770 ) ( 0.999838 -0.010141 0.014863 ) ( -0.014951 -0.008620 0.999851 ) vector_5 = ( 48.0912 -47.3711 31.8114 ) matrix_6 = ( 0.999542 -0.030236 -0.001427 ) ( -0.030235 -0.999542 0.001202 ) ( -0.001463 -0.001158 -0.999998 ) vector_6 = ( -45.5886 48.9605 61.9827 ) matrix_7 = ( 1.000000 0.000000 0.000000 ) ( 0.000000 1.000000 0.000000 ) ( 0.000000 0.000000 1.000000 ) vector_7 = ( 0.0000 0.0000 0.0000 ) matrix_8 = ( -0.025450 -0.999672 -0.002776 ) ( -0.999629 0.025476 -0.009636 ) ( 0.009703 0.002530 -0.999950 ) vector_8 = ( 95.7336 93.6049 30.5814 ). Author has stated one complication: Because of the stacking fault-type disorder, the alternate conformers in the current PDB file were assigned different chain IDs during author's refinement. The two alternate conformers of chain C were assigned chain IDs C and F, and the two conformers of chain D were assigned D and E. During the processing of deposition, alternate conformers were used because of the essential PDB format requirement. Therefore, during author's refinement, there were six chains A/B/C/D/E/F. To get the right occupancies during the refinement (1.0 on chains A/B, 0.5 on chains C/D/E/F), author set the occupancies of the starting file at 0.5, and put in two copies of the ncs matrices for the chains A and B with occupancy of 1.0. So there are 8 matrices.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.407 822 4.9 %RANDOM
Rwork0.376 ---
obs0.376 16870 96.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 21.5771 Å2 / ksol: 0.172883 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.83 Å20 Å20 Å2
2--20.83 Å20 Å2
3----41.66 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.77 Å0.69 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.71 Å0.87 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→7.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1529 0 0 0 1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 137 4.9 %
Rwork0.42 2667 -
obs--96.9 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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