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万見
- PDB-2py6: Crystal structure of Methyltransferase FkbM (YP_546752.1) from Me... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2py6
タイトルCrystal structure of Methyltransferase FkbM (YP_546752.1) from Methylobacillus flagellatus KT at 2.20 A resolution
要素Methyltransferase FkbM
キーワードTRANSFERASE / YP_546752.1 / Methyltransferase FkbM / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #160 / Methyltransferase FkbM / Methyltransferase FkbM domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich ...Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 - #160 / Methyltransferase FkbM / Methyltransferase FkbM domain / Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Unknown ligand / Methyltransferase FkbM
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus flagellatus KT (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Methyltransferase FkbM (YP_546752.1) from Methylobacillus flagellatus KT at 2.20 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.62023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN. SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase FkbM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9028
ポリマ－46,5121
非ポリマー3907
水6,828379
1
A: Methyltransferase FkbM
ヘテロ分子

A: Methyltransferase FkbM
ヘテロ分子

A: Methyltransferase FkbM
ヘテロ分子

A: Methyltransferase FkbM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,60832
ポリマ－186,0494
非ポリマー1,55928
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)73.660, 119.170, 122.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Methyltransferase FkbM


分子量: 46512.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus KT (バクテリア)
生物種: Methylobacillus flagellatus / 株: KT, DSM 6875 / 遺伝子: YP_546752.1, Mfla_2648 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
参照: UniProt: Q1GXX6, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 386分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NANODROP, 0.214M Ammonium nitrate, 14.0% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97926, 0.97891
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月29日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979261
30.978911
反射解像度: 2.15→29.788 Å / Num. obs: 29426 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 24.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 7.69
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.230.4242.294385583194.6
2.23-2.320.3552.694505467196.3
2.32-2.420.305388395144196.3
2.42-2.550.2693.396935609196.6
2.55-2.710.2094.394905475196.5
2.71-2.920.1595.495645530197.1
2.92-3.210.1097.894505412196.6
3.21-3.670.06512.395665416196.2
3.67-4.610.04117.597675421195.9
4.61-29.790.03718.8100595449194.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→29.788 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 8.375 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.171
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. CHLORIDE ION, ETHYLENE GLYCOL, POLYETHYLENE GLYCOL-3350 (PEG) AND ONE UNKNOWN LIGAND (UNL) ARE MODELED IN THE STRUCTURE. THE UNKNOWN LIGAND IS CLOSE TO RESIDUES 259 AND 342. 5. RESIDUES 1-13 AND 300-319 ARE DISORDERED AND NOT MODELED IN THE STRUCTURE. 6. THERE IS A RAMACHANDRAN VIOLATION ON RESIUDE 112 WITH CLEAR DENSITY SUPPORT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1494 5.1 %RANDOM
Rwork0.166 ---
all0.169 ---
obs0.169 29425 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.849 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→29.788 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 31 379 3366
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.9574165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.06536455
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0655377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.3322.819149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.00715479
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5551528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02670
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.3612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.32966
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.51491
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.51740
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.5422
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0010.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.150.321
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.3103
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1332061
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5233763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.94653032
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.97181294
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.114111133
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 104 -
Rwork0.199 2021 -
obs-2125 97.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8776-0.0910.51514.2059-0.82450.46540.00160.0686-0.0515-0.25140.0187-0.28260.10390.117-0.0203-0.037-0.03910.0435-0.09930.01-0.160423.63223.75447.166
20.4743-0.67930.43132.0981-0.49881.64370.06290.0278-0.0544-0.05750.007-0.0880.19620.0731-0.0699-0.1373-0.02310.0315-0.1424-0.0097-0.112421.60612.75651.308
30.57810.01650.08390.51540.10360.6191-0.01920.04080.014-0.1563-0.020.08-0.0209-0.02890.0392-0.10240.0164-0.021-0.15390.0117-0.1754-7.31729.11644.556
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA15 - 7516 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2AA76 - 16577 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3AA166 - 408167 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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