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- PDB-2pxr: Crystal Structure of HIV-1 CA146 in the Presence of CAP-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pxr
タイトルCrystal Structure of HIV-1 CA146 in the Presence of CAP-1
要素Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral Capsid / HIV-1 / Anti-Viral / Small molecule inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase ...viral budding via host ESCRT complex / HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / host cell / viral nucleocapsid / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / viral translational frameshifting / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retropepsin-like catalytic domain / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Gag-Pol polyprotein / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kelly, B.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structure of the Antiviral Assembly Inhibitor CAP-1 Complex with the HIV-1 CA Protein.
著者: Kelly, B.N. / Kyere, S. / Kinde, I. / Tang, C. / Howard, B.R. / Robinson, H. / Sundquist, W.I. / Summers, M.F. / Hill, C.P.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3714
ポリマ－16,2051
非ポリマー1663
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
ヘテロ分子

C: Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7428
ポリマ－32,4092
非ポリマー3336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2190 Å2
ΔGint-164 kcal/mol
Surface area15420 Å2
手法PISA
3
C: Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
ヘテロ分子

C: Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7428
ポリマ－32,4092
非ポリマー3336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area1500 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.187, 62.777, 106.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-400-

CL

21C-402-

ZN

詳細The biological assembly is a hexamer

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要素

#1: タンパク質 Gag-Pol polyprotein (Pr160Gag-Pol)


分子量: 16204.573 Da / 分子数: 1 / 断片: N-Terminal Domain / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 株: NL43 / 参照: UniProt: P12497, UniProt: Q79791*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.61 %
結晶化温度: 286 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris pH, 5% PEG 8000, 20% PEG 300, 10% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 286K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月14日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→53.15 Å / Num. all: 22915 / Num. obs: 21930 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. measured all: 5356 / Num. unique all: 2570 / Rsym value: 0.318 / % possible all: 78.5

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.48 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.463
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.64 Å
Translation3 Å19.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→53.15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.664 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Authors also state that The structure 2PXR was determined by X-ray crystallography from crystals of CA146 that were grown in the presence of ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Authors also state that The structure 2PXR was determined by X-ray crystallography from crystals of CA146 that were grown in the presence of CAP-1. CAP-1 is not visible in electron density maps, although NMR data provided ligand-protein NOEs that allowed them to build a joint refined structure 2JPR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1107 5.1 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.166 22915 --
obs0.166 21916 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.635 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9 Å20 Å20 Å2
2---1.16 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→53.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1129 0 3 179 1311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8731.9271666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5195148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.79225.08857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.83515224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.499157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2620.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2390.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0630.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0241.5764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.96121225
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7573520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5444.5441
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.50631284
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.6373182
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.00731192
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 63 -
Rwork0.247 1146 -
obs-1209 72.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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