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万見
- PDB-2pxb: Variant 2 of Ribonucleoprotein Core of the E. Coli Signal Recogni... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pxb
タイトルVariant 2 of Ribonucleoprotein Core of the E. Coli Signal Recognition Particle
要素
  • 4.5 S RNA
  • Signal recognition particle protein
キーワードSIGNALING PROTEIN/RNA / GU PAIR / HEXAMINE / RNA PHASING / RNA / CATION BINDING / SIGNALING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


signal recognition particle / signal-recognition-particle GTPase / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / protein targeting to membrane / ribonucleoprotein complex / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain ...Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle protein / Signal recognition particle, SRP54 subunit / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, M-domain superfamily / Signal peptide binding domain / SRP54-type proteins GTP-binding domain signature. / Signal recognition particle SRP54, helical bundle / Signal recognition particle SRP54, N-terminal domain superfamily / SRP54-type protein, helical bundle domain / SRP54-type protein, helical bundle domain / Signal recognition particle, SRP54 subunit, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / SRP54-type protein, GTPase domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10) / Signal recognition particle protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Keel, A.Y. / Rambo, R.P. / Batey, R.T. / Kieft, J.S.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: A General Strategy to Solve the Phase Problem in RNA Crystallography.
著者: Keel, A.Y. / Rambo, R.P. / Batey, R.T. / Kieft, J.S.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年5月10日Group: Refinement description
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / refine_hist ...database_2 / refine_hist / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: 4.5 S RNA
A: Signal recognition particle protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,51110
ポリマ－28,2222
非ポリマー1,2898
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.981, 78.684, 32.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.860, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 4.5 S RNA


分子量: 15885.515 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN IV / 変異: C132U, U133G, A175U / 由来タイプ: 組換発現
#2: タンパク質 Signal recognition particle protein / Fifty-four homolog / p48


分子量: 12336.646 Da / 分子数: 1 / 断片: C TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 328-432) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ffh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(pLysS) / 参照: UniProt: P0AGD7
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20Mm NaOH-MES pH 5.6, 200mM KCl, 10% Isopropanol, 5mM Cobalt Hexamine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaOH-MES11
2KCl11
3Isopropanol11
4H2O11
5NaOH-MES12
6KCl12
7Isopropanol12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11131
21
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→39.34 Å / Num. obs: 10959 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 7.72 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 18.7 / Scaling rejects: 641
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.59 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. measured all: 8128 / Num. unique all: 1071 / Χ2: 0.72 / % possible all: 96.1

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位相決定

Phasing MRCor.coef. Fo:Fc: 0.86 / Packing: 0.392
最高解像度最低解像度手法Reflection percentσ(F)
Translation4 Å15 Ågeneral97.6 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.4Lデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DUL

1dul


解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2722 2046 4.7 %
Rwork0.254 --
obs-21420 49.3 %
溶媒の処理Bsol: 45 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 56.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.864 Å20 Å25.842 Å2
2---17.672 Å20 Å2
3---5.807 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数533 1052 56 0 1641
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:cohex.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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