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万見
- PDB-2px6: Crystal structure of the thioesterase domain of human fatty acid ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2px6
タイトルCrystal structure of the thioesterase domain of human fatty acid synthase inhibited by Orlistat
要素Thioesterase domain
キーワードTRANSFERASE / thioesaterse domain / Orlistat / fatty acid synthase / drug complex / tetrahydrolipstatin
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / : / : / : / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / : / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development ...fatty-acid synthase system / : / : / : / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / : / neutrophil differentiation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / glandular epithelial cell development / glycogen granule / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / : / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / modulation by host of viral process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / ChREBP activates metabolic gene expression / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / mammary gland development / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / monocyte differentiation / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / inflammatory response / cadherin binding / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase; domain 2 / Protein Yjbj; Chain: A; / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...Fatty acid synthase; domain 2 / Protein Yjbj; Chain: A; / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase domain superfamily / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DH9 / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pemble IV, C.W. / Johnson, L.C. / Kridel, S.J. / Lowther, W.T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the thioesterase domain of human fatty acid synthase inhibited by Orlistat.
著者: Pemble, C.W. / Johnson, L.C. / Kridel, S.J. / Lowther, W.T.
履歴
登録2007年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 600HETEROGEN DH9 3000 forms an adduct with SER 2308 and is missing the O2* atom

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioesterase domain
B: Thioesterase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,6445
ポリマ－69,4622
非ポリマー1,1823
水95553
1
A: Thioesterase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2452
ポリマ－34,7311
非ポリマー5141
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Thioesterase domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3993
ポリマ－34,7311
非ポリマー6682
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.860, 94.320, 69.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細each chain represents the biological unit

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要素

#1: タンパク質 Thioesterase domain


分子量: 34731.203 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2200-2511 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FAS / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P49327, fatty-acid synthase system
#2: 化合物 ChemComp-DH9 / (2S,3S,5S)-5-[(N-FORMYL-L-LEUCYL)OXY]-2-HEXYL-3-HYDROXYHEXADECANOIC ACID


分子量: 513.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H55NO6
#3: 化合物 ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.3
詳細: 50mM sodium dihydrogen phosphate, 30-35% PEG 3350, 30mM dithiothreitol, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.01 Å / Num. all: 21850 / Num. obs: 21850 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 76.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CBASSデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XKT

1xkt


解像度: 2.3→39.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 7.796 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27276 1184 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.22753 21850 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4011 0 79 53 4143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.9845641
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5575507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00823.622185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.32215673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8841527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2640
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.21914
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22844
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.120.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6611.52646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09324123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47531707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.374.51518
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 70 -
Rwork0.231 1207 -
obs--73.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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