PDB-2pwn: Crystal structure of BET3 homolog (13277653) from Mus musculus at...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pwn

タイトル

Crystal structure of BET3 homolog (13277653) from Mus musculus at 2.04 A resolution

要素

Trafficking protein particle complex subunit 3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / 13277653 / Transport protein particle (TRAPP) component / Bet3 / BET3 homolog / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle coating / vesicle tethering / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / COPII-mediated vesicle transport / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / COPII vesicle coating / intra-Golgi vesicle-mediated transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of BET3 homolog (13277653) from Mus musculus at 2.04 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2007年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2007年5月29日	ID: 1VPG
改定 1.0	2007年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pwn.cif.gz	45.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pwn.ent.gz	33.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pwn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pwn_validation.pdf.gz	440.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pwn_full_validation.pdf.gz	442.1 KB	表示
XML形式データ	2pwn_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	2pwn_validation.cif.gz	11.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/2pwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/2pwn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4h0n-1 1wc9-1 6aq3-2 4w4i-d 4umt-d 6het-d 6aq3-3 4rwr-1 1sz7-1 4wa8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 354543

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trafficking protein particle complex subunit 3

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Trafficking protein particle complex subunit 3

ヘテロ分子

A: Trafficking protein particle complex subunit 3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.533, 77.533, 56.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Trafficking protein particle complex subunit 3 / BET3 homolog 分子量: 22160.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: 13277653, Trappc3, Bet3 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: O55013
#2: 化合物	ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: NANODROP, 0.4M NH4H2PO3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99987, 0.97969, 0.97957

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月26日

放射

モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.99987	1
2	0.97969	1
3	0.97957	1

反射

解像度: 2.04→23.156 Å / Num. obs: 12800 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 38.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.04-2.09	4.7	0.687	2.1	4286	921	0.687	100
2.09-2.15	5	0.541	1.3	4531	902	0.541	100
2.15-2.21	5.5	0.472	1.5	4901	886	0.472	100
2.21-2.28	5.8	0.294	2.2	4995	868	0.294	100
2.28-2.36	5.8	0.241	2.9	4857	840	0.241	100
2.36-2.44	5.8	0.197	3.4	4612	798	0.197	100
2.44-2.53	5.8	0.165	4.1	4472	774	0.165	100
2.53-2.63	5.8	0.133	5.2	4412	763	0.133	100
2.63-2.75	5.7	0.11	6.3	4241	740	0.11	100
2.75-2.89	5.8	0.096	6.8	3978	683	0.096	100
2.89-3.04	5.7	0.08	8.4	3753	658	0.08	100
3.04-3.23	5.7	0.067	9.7	3627	631	0.067	100
3.23-3.45	5.7	0.061	10.4	3375	595	0.061	100
3.45-3.72	5.6	0.058	11.1	3153	561	0.058	100
3.72-4.08	5.6	0.054	11.3	2846	509	0.054	100
4.08-4.56	5.5	0.052	11.1	2628	475	0.052	99.9
4.56-5.27	5.5	0.049	12	2249	412	0.049	99.9
5.27-6.45	5.4	0.052	11.1	1908	356	0.052	99.4
6.45-9.12	5.1	0.047	13.2	1419	276	0.047	98.4
9.12-23.17	4.8	0.051	9.8	725	152	0.051	90.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MolProbity	3beta29	モデル構築
SHELX		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.04→23.156 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 8.436 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.162
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. MYRISTIC ACID MODELED BASED ON RELATED STRUCTURE (1WC9). 4. CYS 68 IS COVALENTLY ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	623	4.9 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
all	0.185	-	-	-
obs	0.185	12770	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.498 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.53 Å²	0.27 Å²	0 Å²
2-	-	0.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→23.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1197	0	15	73	1285

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.381	1.967	1713
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.125	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.545	24.286	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.646	15	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.242	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1408
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	1094
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.178	0.2	634
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	766
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.15	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.132	3	814
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.505	3	329
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.323	5	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.267	8	505
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.537	11	433

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.093 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	47	-
R_work	0.25	878	-
obs	-	925	98.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 35.842 Å / Origin y: 39.124 Å / Origin z: 8.13 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1334 Å²	-0.0311 Å²	-0.0099 Å²	-	-0.0466 Å²	-0.0522 Å²	-	-	-0.2042 Å²
L	2.2228 °²	-0.4671 °²	-0.1222 °²	-	1.966 °²	-0.3031 °²	-	-	2.0594 °²
S	0.004 Å °	-0.3128 Å °	0.1681 Å °	0.2442 Å °	0.065 Å °	-0.1096 Å °	0.0193 Å °	0.3385 Å °	-0.069 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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