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- PDB-2puj: Crystal Structure of the S112A/H265A double mutant of a C-C hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2puj
タイトルCrystal Structure of the S112A/H265A double mutant of a C-C hydrolase, BphD from Burkholderia xenovorans LB400, in complex with its substrate HOPDA
要素2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
キーワードHYDROLASE / C-C bond hydrolase / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / catabolic process
類似検索 - 分子機能
2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase, BphD / : / Alpha/beta hydrolase family / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-HPZ / MALONATE ION / 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia xenovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å
データ登録者Bhowmik, S. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Tautomeric Half-reaction of BphD, a C-C Bond Hydrolase: KINETIC AND STRUCTURAL EVIDENCE SUPPORTING A KEY ROLE FOR HISTIDINE 265 OF THE CATALYTIC TRIAD.
著者: Horsman, G.P. / Bhowmik, S. / Seah, S.Y. / Kumar, P. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D.
履歴
登録2007年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3294
ポリマ－31,9861
非ポリマー3433
水2,756153
1
A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子

A: 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,31516
ポリマ－127,9424
非ポリマー1,37312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation15_555y,x,-z1
Buried area11500 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area38410 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)116.805, 116.805, 87.528
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x, y, z; -x+1/2, -y+1/2, z+1/2; -y, x+1/2, z+1/4; y+1/2, -x, z+3/4;

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要素

#1: タンパク質 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase


分子量: 31985.582 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A, H265A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア)
株: LB400 / 遺伝子: bphD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47229, EC: 3.7.1.-
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 化合物 ChemComp-HPZ / (2E,4E)-2-HYDROXY-6-OXO-6-PHENYLHEXA-2,4-DIENOIC ACID


分子量: 218.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.9 M sodium malonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.57→82.5 Å / Num. obs: 42069 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / Rsym value: 8.8 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 45.8 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OG1

2og1


解像度: 1.57→82.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.486 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20234 2123 5 %RANDOM
Rwork0.1749 ---
obs0.17627 39930 99.12 %-
all-39930 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.286 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2--0.44 Å20 Å2
3----0.89 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.175 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.57→82.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2234 0 24 153 2411
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222343
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.963177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2745294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.524.054111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.54215392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0691514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2020.21123
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21598
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1030.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1630.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1920.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.51921417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.10932267
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.42968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it12.4833904
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 160 -
Rwork0.252 2891 -
obs--98.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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