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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2puh | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the S112A mutant of a C-C hydrolase, BphD from Burkholderia xenovorans LB400, in complex with its substrate HOPDA | ||||||
![]() | 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoate hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / C-C bond hydrolase / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-hydroxy-6-oxonona-2,4-dienedioate hydrolase activity / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase / 2,6-dioxo-6-phenylhexa-3-enoate hydrolase activity / : 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bhowmik, S. / Bolin, J.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Tautomeric Half-reaction of BphD, a C-C Bond Hydrolase: KINETIC AND STRUCTURAL EVIDENCE SUPPORTING A KEY ROLE FOR HISTIDINE 265 OF THE CATALYTIC TRIAD. 著者: Horsman, G.P. / Bhowmik, S. / Seah, S.Y. / Kumar, P. / Bolin, J.T. / Eltis, L.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x, y, z; -x+1/2, -y+1/2, z+1/2; -y, x+1/2, z+1/4; y+1/2, -x, z+3/4; |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32052.648 Da / 分子数: 1 / 変異: S112A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: bphD / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 化合物 | ChemComp-MLI / |
#4: 化合物 | ChemComp-HPK / ( |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.9 M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月4日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.82→82.5 Å / Num. obs: 27213 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 5.4 / Net I/σ(I): 36.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.82→1.868 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2538 / Rsym value: 45.1 / % possible all: 94.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2OG1 解像度: 1.82→82.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.732 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.5 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.199 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.82→82.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.82→1.868 Å / Total num. of bins used: 20
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