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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ps6 | ||||||
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タイトル | N225D/S229T trichodiene synthase | ||||||
![]() | Trichodiene synthase | ||||||
![]() | LYASE / Terpenoid synthase fold / site-directed mutagenesis / NSE/DTE motif / magnesium / ethylene glycol | ||||||
機能・相同性 | ![]() trichodiene synthase / sesquiterpenoid biosynthetic process / trichodiene synthase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vedula, L.S. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and mechanistic analysis of trichodiene synthase using site-directed mutagenesis: probing the catalytic function of tyrosine-295 and the asparagine-225/serine-229/glutamate-233-Mg2+B motif. 著者: Vedula, L.S. / Jiang, J. / Zakharian, T. / Cane, D.E. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 122.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 472.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44065.613 Da / 分子数: 2 / 変異: N225D/S229T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.51 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: PEG 8000, SODIUM HEPES, CALCIUM CHLORIDE, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91756 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→61.2 Å / Num. obs: 38791 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.325 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 5279 / % possible all: 90.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1JFA 解像度: 2.6→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Residues with side chain B-factors = 20.00 were refined as alanines due to disorder
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原子変位パラメータ | Biso mean: 54.7 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
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拘束条件 |
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