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- PDB-2pru: NMR Structure of Human apoS100B at 10C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pru
タイトルNMR Structure of Human apoS100B at 10C
要素Protein S100-B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / S100 / Calcium Binding Protein / EF-hand / all alpha helical protein
機能・相同性
機能・相同性情報


adaptive thermogenesis / sympathetic neuron projection extension / RAGE receptor binding / S100 protein binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / ruffle / positive regulation of neuron differentiation ...adaptive thermogenesis / sympathetic neuron projection extension / RAGE receptor binding / S100 protein binding / regulation of neuronal synaptic plasticity / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / ruffle / positive regulation of neuron differentiation / axonogenesis / central nervous system development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / tau protein binding / memory / calcium-dependent protein binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / learning or memory / cell adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / CNS - non-crystallograqphic symmetry for the homodimer, distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics. Final Refinement in the presence of explicit solvent.
データ登録者Malik, S. / Shaw, G.S. / Revington, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Analysis of the structure of human apo-S100B at low temperature indicates a unimodal conformational distribution is adopted by calcium-free S100 proteins.
著者: Malik, S. / Revington, M. / Smith, S.P. / Shaw, G.S.
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-B
B: Protein S100-B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1922
ポリマ－21,1922
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-B / S100 calcium-binding protein B / S-100 protein beta subunit / S-100 protein beta chain


分子量: 10595.841 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100B / プラスミド: pSS2 from pSD80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): N99 / 参照: UniProt: P04271

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
13215N IPAP-HSQC for Residual dipolar couplings
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM U-13C,U-15N S100B, 50 mM KCl, 90%H2O/10%D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM U-15N S100B, 50 mM KCl, 12 mg/ml PF1 Phage, 90%H2O/10%D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 283 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3F. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
VNMR6.1BVarian Associatescollection
NMRView5.2.2B.A. Johnson and R.A. Blevinsデータ解析
CNS1.1Brunger AT,Adams PD, Clore GM, DeLano WL, Gros P, Grosse-Kunstleve RW,Jiang JS,Kuszewski J, Nilges M, Pannu NS, Read, RJ, Rice, LM, Simonson T, and Warren, GL精密化
RECOORD1Nederveen AJ, Doreleijers JF, Vranken W, Miller Z, Spronk CAEM, Nabuurs SB, G ntert P, Livny M, Markley JL, Nilges M, Ulrich EL, Kaptein R, Bonvin AMJJ精密化
精密化手法: CNS - non-crystallograqphic symmetry for the homodimer, distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics. Final Refinement in the presence of explicit solvent.
ソフトェア番号: 1 / 詳細: 2504 NOEs, 124 Hbond distance restraints
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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