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- PDB-2prr: Crystal structure of alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2prr
タイトルCrystal structure of alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein (YP_296737.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.15 A resolution
要素Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / YP_296737.1 / Carboxymuconolactone decarboxylase family / Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
AhpD-like / Uncharacterised peroxidase-related / Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Alkylhydroperoxidase AhpD core:Uncharacterized peroxidase-related protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ralstonia eutropha (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein (YP_296737.1) from Ralstonia eutropha JMP134 at 2.15 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.52023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 ... BIOMOLECULE: 1,2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 12 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S).
Remark 999 SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
B: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
C: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
D: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
E: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
F: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
G: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
H: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
I: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
J: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
K: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
L: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,90944
ポリマ－269,20512
非ポリマー3,70432
水24,1041338
1
A: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
B: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
D: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
E: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
H: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
I: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,47722
ポリマ－134,6026
非ポリマー1,87416
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24260 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area40760 Å2
手法PISA
2
C: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
F: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
G: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
J: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
K: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
L: Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,43322
ポリマ－134,6026
非ポリマー1,83016
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23650 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area40970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.105, 93.953, 120.898
Angle α, β, γ (deg.)84.260, 81.640, 77.730
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 5 - 192 / Label seq-ID: 6 - 193

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH
9II
10JJ
11KK
12LL
詳細SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A HEXAMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質
Alkylhydroperoxidase AhpD core: uncharacterized peroxidase-related protein


分子量: 22433.742 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ralstonia eutropha (バクテリア) / 生物種: Cupriavidus necator / 株: JMP134 / 遺伝子: YP_296737.1, Reut_A2532 / プラスミド: speedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q46Y90
#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: NANODROP, 0.2M Na2HPO4, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 9.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97932, 0.97905
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979321
30.979051
反射解像度: 1.88→48.912 Å / Num. obs: 211872 / % possible obs: 87.2 % / Biso Wilson estimate: 30.222 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 6.23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique all% possible all
1.88-1.950.4192357741803777.4
1.95-2.030.3782.2378311903283.1
2.03-2.120.2742.8360811815083.4
2.12-2.230.2353.2386321942287.9
2.23-2.370.1744.2383841929386.1
2.37-2.550.1375391471967488.9
2.55-2.810.1096.2400632013688.7
2.81-3.210.0768.2392881973889.1
3.210.04711.9416502093993.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
SHELX位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.15→48.912 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.887 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.245 / ESU R Free: 0.208
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. POLYETHYLENE GLYCOL MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER WERE MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 7726 5.1 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.213 ---
obs0.213 152688 94.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.806 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å2-2.42 Å2-2.97 Å2
2---0.85 Å24.05 Å2
3---0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.912 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17690 0 245 1338 19273
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02218345
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0217006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.95924799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96339224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.23252268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.1323.24855
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.693152865
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.10715145
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.22723
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0220462
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023879
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.34444
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1620.318624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.59141
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.510098
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.51806
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0520.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1090.310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1960.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.523311738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.68134555
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.393518288
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.91987384
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.123116511
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1096MEDIUM POSITIONAL0.210.5
2B1096MEDIUM POSITIONAL0.160.5
3C1096MEDIUM POSITIONAL0.220.5
4D1096MEDIUM POSITIONAL0.180.5
5E1096MEDIUM POSITIONAL0.180.5
6F1096MEDIUM POSITIONAL0.20.5
7G1096MEDIUM POSITIONAL0.20.5
8H1096MEDIUM POSITIONAL0.160.5
9I1096MEDIUM POSITIONAL0.240.5
10J1096MEDIUM POSITIONAL0.210.5
11K1096MEDIUM POSITIONAL0.190.5
12L1096MEDIUM POSITIONAL0.170.5
1A1605LOOSE POSITIONAL0.395
2B1605LOOSE POSITIONAL0.365
3C1605LOOSE POSITIONAL0.345
4D1605LOOSE POSITIONAL0.335
5E1605LOOSE POSITIONAL0.415
6F1605LOOSE POSITIONAL0.435
7G1605LOOSE POSITIONAL0.435
8H1605LOOSE POSITIONAL0.365
9I1605LOOSE POSITIONAL0.445
10J1605LOOSE POSITIONAL0.485
11K1605LOOSE POSITIONAL0.395
12L1605LOOSE POSITIONAL0.335
1A1096MEDIUM THERMAL1.532
2B1096MEDIUM THERMAL1.142
3C1096MEDIUM THERMAL1.22
4D1096MEDIUM THERMAL0.962
5E1096MEDIUM THERMAL1.082
6F1096MEDIUM THERMAL0.972
7G1096MEDIUM THERMAL1.072
8H1096MEDIUM THERMAL1.212
9I1096MEDIUM THERMAL1.022
10J1096MEDIUM THERMAL1.332
11K1096MEDIUM THERMAL1.232
12L1096MEDIUM THERMAL1.172
1A1605LOOSE THERMAL4.1410
2B1605LOOSE THERMAL3.1910
3C1605LOOSE THERMAL3.3710
4D1605LOOSE THERMAL3.110
5E1605LOOSE THERMAL3.2610
6F1605LOOSE THERMAL2.8610
7G1605LOOSE THERMAL3.5110
8H1605LOOSE THERMAL3.0510
9I1605LOOSE THERMAL3.2310
10J1605LOOSE THERMAL3.3310
11K1605LOOSE THERMAL3.6310
12L1605LOOSE THERMAL3.4710
LS精密化 シェル最高解像度: 2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.396 570 -
Rwork0.369 10812 -
obs-11382 95.61 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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