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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pro | ||||||
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タイトル | PRO REGION OF ALPHA-LYTIC PROTEASE | ||||||
要素 | ALPHA-LYTIC PROTEASE | ||||||
キーワード | PRO REGION / FOLDASE / PROTEIN FOLDING / SERINE PROTEASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-lytic endopeptidase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Lysobacter enzymogenes (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sauter, N.K. / Mau, T. / Rader, S.D. / Agard, D.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998 タイトル: Structure of alpha-lytic protease complexed with its pro region. 著者: Sauter, N.K. / Mau, T. / Rader, S.D. / Agard, D.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pro.cif.gz | 87.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pro.ent.gz | 68 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pro.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pro_validation.pdf.gz | 443.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pro_full_validation.pdf.gz | 488.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pro_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pro_validation.cif.gz | 29.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2pro ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/2pro | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17835.881 Da / 分子数: 3 / 断片: PRO REGION / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lysobacter enzymogenes (バクテリア) 解説: T7 EXPRESSION SYSTEM / 細胞株: B834 / プラスミド: PT7PRO / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P00778 配列の詳細 | THE FIVE METHIONINE RESIDUES IN THIS ENTRY ARE ACTUALLY A MIXTURE OF ABOUT 80% SELENO-L-METHIONINE ...THE FIVE METHIONINE | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 % / 解説: DATA WERE COLLECTED WITH INVERSE BEAM GEOMETRY | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: pH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 7 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9690, 0.97915, 0.97938 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年3月23日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 3→16 Å / Num. obs: 22778 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 13 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.14 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 94.9 | ||||||||||||
反射 | *PLUS Num. measured all: 39904 | ||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.12 Å / Rfactor Rfree: 0.489 / Rfactor Rwork: 0.314 / Total num. of bins used: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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