[日本語] English
万見
- PDB-2pr8: crystal structure of aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(6')-Ib11 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pr8
タイトルcrystal structure of aminoglycoside N-acetyltransferase AAC(6')-Ib11
要素Aminoglycoside 6-N-acetyltransferase type Ib11
キーワードTRANSFERASE / GNAT / aminoglycoside acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Aminoglycoside N(6')-acetyltransferase, AacA4 type / Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminoglycoside 6-N-acetyltransferase type Ib11
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Maurice, F. / Broutin, I. / Podglajen, I. / Benas, P. / Collatz, E. / Dardel, F.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2008
タイトル: Enzyme structural plasticity and the emergence of broad-spectrum antibiotic resistance.
著者: Maurice, F. / Broutin, I. / Podglajen, I. / Benas, P. / Collatz, E. / Dardel, F.
履歴
登録2007年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aminoglycoside 6-N-acetyltransferase type Ib11
B: Aminoglycoside 6-N-acetyltransferase type Ib11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2374
ポリマ－43,7612
非ポリマー4772
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.620, 85.370, 150.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The second part of the biological assembly is generated by a two fold axis

-
要素

#1: タンパク質 Aminoglycoside 6-N-acetyltransferase type Ib11


分子量: 21880.389 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8GLI5, aminoglycoside 6'-N-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.15 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0,1 M Hepes pH7.5 1.5 M lithium sulfate 3 % isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1771
2771
3771
4771
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.934
シンクロトロンESRF BM30A20.9794
シンクロトロンESRF BM30A30.9792
シンクロトロンESRF BM30A40.931
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年9月26日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年2月27日
ADSC QUANTUM 3153CCD2006年2月27日
ADSC QUANTUM 3154CCD2006年2月27日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1diamond (111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111MADMx-ray1
3Si 111MADMx-ray1
4Si 111MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
20.97941
30.97921
40.9311
Reflection
IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsD res high (Å)Num. obs% possible obs
125.09432600.0242.82221197.1
229.19899180.0322.792271798.9
319.75440250.032.82248498.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
5.8237.197.610.023
4.795.8298.710.026
4.174.7997.410.021
3.744.1799.210.021
3.423.7499.710.022
3.173.4299.910.024
2.973.1710010.028
2.82.979210.033
5.8837.199.720.032
4.815.8899.820.035
4.184.8199.820.029
3.744.1810020.03
3.413.7410020.029
3.163.4110020.032
2.963.1610020.037
2.792.9695.420.041
5.737.199.530.027
4.745.799.930.026
4.144.7499.930.025
3.724.1410030.026
3.413.7210030.029
3.163.4110030.034
2.973.1699.930.045
2.82.9793.430.052
反射解像度: 2.1→37.1 Å / Num. all: 26857 / Num. obs: 26857 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 20.42
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. measured obs: 15578 / Num. unique all: 4253 / % possible all: 97.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set
ID最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_12.837.6200105151453
ISO_22.837.621.4150.899104161387
ISO_32.837.622.3031.309104901407
ANO_12.837.625.070105080
ANO_22.837.623.2650103650
ANO_32.837.621.6640105000
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)Power acentricPower centricReflection acentricReflection centric
ISO_111.91-37.62009660
ISO_18.64-11.910019263
ISO_17.12-8.640025970
ISO_16.19-7.120031968
ISO_15.55-6.190036778
ISO_15.08-5.550040476
ISO_14.71-5.080044570
ISO_14.41-4.710049275
ISO_14.16-4.410051676
ISO_13.95-4.160054271
ISO_13.77-3.950055674
ISO_13.61-3.770061970
ISO_13.47-3.610063381
ISO_13.34-3.470065167
ISO_13.23-3.340068080
ISO_13.13-3.230068674
ISO_13.04-3.130076375
ISO_12.95-3.040073178
ISO_12.87-2.950078971
ISO_12.8-2.870077576
ANO_111.91-37.622.0580960
ANO_18.64-11.916.74701890
ANO_17.12-8.647.92202590
ANO_16.19-7.128.26903190
ANO_15.55-6.197.87103670
ANO_15.08-5.556.63204040
ANO_14.71-5.085.37204440
ANO_14.41-4.715.38504900
ANO_14.16-4.414.705160
ANO_13.95-4.165.25205420
ANO_13.77-3.955.31505560
ANO_13.61-3.775.306190
ANO_13.47-3.615.17106330
ANO_13.34-3.474.84506510
ANO_13.23-3.344.82206800
ANO_13.13-3.234.72406860
ANO_13.04-3.134.47207630
ANO_12.95-3.044.43907310
ANO_12.87-2.954.13807880
ANO_12.8-2.873.97907750
ISO_211.91-37.621.2120.5117841
ISO_28.64-11.911.451.11517153
ISO_27.12-8.641.7441.07624861
ISO_26.19-7.121.6980.89831666
ISO_25.55-6.191.7151.03236476
ISO_25.08-5.551.6281.24840375
ISO_24.71-5.081.4940.83944065
ISO_24.41-4.711.4740.86848371
ISO_24.16-4.411.431.02250174
ISO_23.95-4.161.4310.89253966
ISO_23.77-3.951.4050.87155572
ISO_23.61-3.771.490.83861569
ISO_23.47-3.611.360.9163181
ISO_23.34-3.471.310.69865166
ISO_23.23-3.341.3460.88668080
ISO_23.13-3.231.3060.79868674
ISO_23.04-3.131.2480.75576375
ISO_22.95-3.041.2610.84973178
ISO_22.87-2.951.1870.6578971
ISO_22.8-2.871.180.82377273
ANO_211.91-37.622.0980690
ANO_28.64-11.915.30401670
ANO_27.12-8.645.80802450
ANO_26.19-7.125.45703140
ANO_25.55-6.194.86403610
ANO_25.08-5.554.24804020
ANO_24.71-5.083.25404360
ANO_24.41-4.713.65704780
ANO_24.16-4.413.7304990
ANO_23.95-4.163.46305350
ANO_23.77-3.953.33805550
ANO_23.61-3.773.33406150
ANO_23.47-3.613.17506310
ANO_23.34-3.472.85106490
ANO_23.23-3.342.97206790
ANO_23.13-3.232.83206860
ANO_23.04-3.132.55407630
ANO_22.95-3.042.56307310
ANO_22.87-2.952.407890
ANO_22.8-2.872.33107610
ISO_311.91-37.622.3970.977334
ISO_38.64-11.912.7651.67719259
ISO_37.12-8.642.9821.75225965
ISO_36.19-7.122.9751.54231966
ISO_35.55-6.193.0942.0636777
ISO_35.08-5.552.9572.28440475
ISO_34.71-5.082.7031.6544568
ISO_34.41-4.712.6361.33649175
ISO_34.16-4.412.4591.57351676
ISO_33.95-4.162.4511.44554271
ISO_33.77-3.952.381.55255674
ISO_33.61-3.772.4381.34261970
ISO_33.47-3.612.2341.43263381
ISO_33.34-3.472.130.46465167
ISO_33.23-3.342.0871.37568080
ISO_33.13-3.231.9951.02268674
ISO_33.04-3.131.8410.98476374
ISO_32.95-3.041.8441.19573178
ISO_32.87-2.951.6610.91378971
ISO_32.8-2.871.681.06177472
ANO_311.91-37.622.0310750
ANO_38.64-11.912.2802030
ANO_37.12-8.643.04202620
ANO_36.19-7.122.8503190
ANO_35.55-6.192.6203660
ANO_35.08-5.552.28604040
ANO_34.71-5.082.12304470
ANO_34.41-4.711.95204910
ANO_34.16-4.411.85905160
ANO_33.95-4.161.94605420
ANO_33.77-3.951.72305560
ANO_33.61-3.771.76506190
ANO_33.47-3.611.6406330
ANO_33.34-3.471.51906510
ANO_33.23-3.341.52506800
ANO_33.13-3.231.29306850
ANO_33.04-3.131.19207620
ANO_32.95-3.041.12407300
ANO_32.87-2.951.13207890
ANO_32.8-2.871.12407700
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å14.8 Å
Translation2.5 Å14.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 2.738 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2670 9.9 %RANDOM
Rwork0.196 ---
all0.197 26857 --
obs0.201 26857 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.352 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.96 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2701 0 30 204 2935
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6871.9743812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3695344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7324.574129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.44315443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8051518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.21350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21896
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2189
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2360.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.191.51770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98522769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74131197
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3424.51043
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 208 -
Rwork0.172 1704 -
obs-1912 100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る