PDB-2pqt: Human N-acetyltransferase 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pqt

タイトル

Human N-acetyltransferase 1

要素

Arylamine N-acetyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / arylamine n-acetyltransferase 1 / arylamide acetylase 1 / Structural Genomics Consortium / SGC / bromoacetanilide / covalent / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

Acetylation / arylamine N-acetyltransferase / arylamine N-acetyltransferase activity / Paracetamol ADME / xenobiotic metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Tempel, W. / Wu, H. / Dombrovski, L. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Grant, D.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Substrate-binding Specificity of Human Arylamine N-Acetyltransferases.
著者: Wu, H. / Dombrovsky, L. / Tempel, W. / Martin, F. / Loppnau, P. / Goodfellow, G.H. / Grant, D.M. / Plotnikov, A.N.

履歴

登録	2007年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月15日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 300

BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ...

Remark 999

SEQUENCE AUTHORS STATE THAT THERE IS AN UNINTENDED MUTATION AT SEQUENCE POSITION 7.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pqt.cif.gz	78.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pqt.ent.gz	56 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pqt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2pqt_validation.pdf.gz	429.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pqt_full_validation.pdf.gz	430.2 KB	表示
XML形式データ	2pqt_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	2pqt_validation.cif.gz	19.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/2pqt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ijaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gx3-1 1cb0-d 3ep6-d 3wz1-d 2xc5-d 1k27-d 4bgf-7 1m4l-d 1cg6-d 4zo3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Arylamine N-acetyltransferase 1

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.274, 44.975, 83.959
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

not known

#1: タンパク質	Arylamine N-acetyltransferase 1 / Arylamide acetylase 1 / Monomorphic arylamine N-acetyltransferase / MNAT / N- acetyltransferase type 1 / NAT-1 分子量: 34408.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAT1, AAC1 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: P18440, arylamine N-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.9 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 30% PEG4000, 0.2 M NaOAc, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.78→30 Å / Num. obs: 26582 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 1.93 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²
1.78-1.84	99	3.2	0.551	2595	1.005
1.84-1.92	100	3.4	0.421	2645	1.117
1.92-2	100	3.4	0.294	2633	1.41
2-2.11	100	3.5	0.222	2658	1.694
2.11-2.24	100	3.5	0.186	2646	1.946
2.24-2.42	99.9	3.6	0.152	2644	2.313
2.42-2.66	99.9	3.6	0.121	2682	2.363
2.66-3.04	100	3.7	0.093	2656	2.587
3.04-3.83	100	3.7	0.062	2672	2.734
3.83-30	99.6	3.7	0.039	2751	1.828

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	22.23 Å
Translation	2.5 Å	22.23 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2IJA

2ija

解像度: 1.78→22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / WR_factor R_free: 0.205 / WR_factor R_work: 0.16 / SU B: 2.668 / SU ML: 0.085 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.124
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Coot,arp/warp,molprobity programs were also used in refinement.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2159	1341	5.056 %
R_work	0.1704	-	-
all	0.173	-	-
obs	-	26522	99.936 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.838 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.669 Å²	0 Å²	-0.417 Å²
2-	-	-0.837 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2397	0	3	134	2534

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.372	1.956	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.921	3	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.42	5	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.623	24.017	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.639	15	417
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.203	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.249	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.52	2	1646
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.739	2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.138	3	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.683	2	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.715	3	934

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.78-1.826	0.424	89	0.292	1839	0.298	1934	99.69
1.826-1.876	0.34	81	0.249	1829	0.253	1910	100
1.876-1.93	0.291	91	0.219	1693	0.222	1784	100
1.93-1.988	0.2	90	0.184	1710	0.185	1802	99.889
1.988-2.053	0.247	95	0.167	1647	0.171	1742	100
2.053-2.125	0.225	65	0.158	1606	0.16	1672	99.94
2.125-2.204	0.223	85	0.161	1541	0.164	1626	100
2.204-2.293	0.249	75	0.158	1468	0.162	1543	100
2.293-2.394	0.167	76	0.161	1423	0.162	1501	99.867
2.394-2.509	0.197	66	0.171	1381	0.172	1449	99.862
2.509-2.643	0.196	73	0.169	1312	0.17	1385	100
2.643-2.801	0.217	61	0.168	1228	0.171	1289	100
2.801-2.991	0.227	54	0.17	1146	0.173	1201	99.917
2.991-3.225	0.239	65	0.168	1089	0.173	1154	100
3.225-3.526	0.194	58	0.163	974	0.165	1032	100
3.526-3.929	0.182	48	0.151	922	0.152	971	99.897
3.929-4.513	0.145	58	0.139	802	0.139	861	99.884
4.513-5.47	0.157	46	0.139	682	0.14	729	99.863
5.47-7.507	0.295	43	0.226	551	0.231	594	100
7.507-22	0.319	22	0.194	338	0.201	360	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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