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- PDB-2pq8: MYST histone acetyltransferase 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pq8
タイトルMYST histone acetyltransferase 1
要素Probable histone acetyltransferase MYST1
キーワードTRANSFERASE / myst / mof / HISTONE ACETYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of mitochondrial transcription / MSL complex / protein propionyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / regulation of mRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / myeloid cell differentiation / post-embryonic hemopoiesis / NSL complex ...positive regulation of skeletal muscle satellite cell differentiation / regulation of mitochondrial transcription / MSL complex / protein propionyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / regulation of mRNA processing / dosage compensation by inactivation of X chromosome / myeloid cell differentiation / post-embryonic hemopoiesis / NSL complex / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / protein-lysine-acetyltransferase activity / negative regulation of type I interferon production / oogenesis / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / NuA4 histone acetyltransferase complex / MLL1 complex / histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / neurogenesis / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / promoter-specific chromatin binding / kinetochore / nuclear matrix / HATs acetylate histones / chromosome / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / regulation of autophagy / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-acetyl transferase-like / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 ...N-acetyl transferase-like / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / RNA binding activity-knot of a chromodomain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Histone acetyltransferase KAT8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tempel, W. / Wu, H. / Dombrovski, L. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: MYST histone acetyltransferase 1.
著者: Wu, H. / Tempel, W. / Dombrovski, L. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2007年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable histone acetyltransferase MYST1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,38916
ポリマ－32,5571
非ポリマー83315
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.060, 64.172, 93.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細not known

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要素

#1: タンパク質 Probable histone acetyltransferase MYST1 / MYST protein 1 / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 1 / hMOF


分子量: 32556.520 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 174-449 / 変異: K274R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYST1, MOF, PP7073 / プラスミド: pET28a-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9H7Z6, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 13 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 24% PEG3350, 0.2 M Ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 49643 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.179 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2
1.45-1.59750.59447490.74
1.5-1.5699.75.80.43948920.76
1.56-1.631006.20.29749270.761
1.63-1.7299.96.40.21449400.808
1.72-1.831006.60.14649460.886
1.83-1.971006.70.09949351.111
1.97-2.171006.90.06649761.358
2.17-2.4810070.0550161.528
2.48-3.1210070.03750411.61
3.12-5098.86.60.02852211.865

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å29.22 Å
Translation2.5 Å29.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ADSCQUANTUMデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2GIV

2giv


解像度: 1.45→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.203 / SU B: 1.173 / SU ML: 0.047 / ESU R: 0.075 / ESU R Free: 0.076
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Prodrg, ARP/wARP, Molprobity, COOT programs have also been used in refinement. Acetyl coenzyme A was added to the protein sample. However, ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Prodrg, ARP/wARP, Molprobity, COOT programs have also been used in refinement. Acetyl coenzyme A was added to the protein sample. However, electron density suggests the presence of de-acetylated coenzyme A bound to a reducing agent such as beta-mercaptoethanol that was also present in the protein sample.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 2536 5.116 %
Rwork0.2049 --
all0.206 --
obs-49566 99.49 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 16.276 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å20 Å2
2--0.351 Å20 Å2
3----0.431 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2123 0 62 149 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.9793069
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8653.0023623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0065269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.52424.21195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.68715360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.129155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.21470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21072
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1080.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0820.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.92721356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5372522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63632141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42321058
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2393922
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.4880.3611890.30332950.306363995.741
1.488-1.5280.2741570.25233590.253353899.378
1.528-1.5730.2451910.23832300.239342699.854
1.573-1.6210.2372040.21231300.214333599.97
1.621-1.6740.2531610.2130740.212323999.877
1.674-1.7320.2671580.19629920.199315199.968
1.732-1.7980.2411380.20329220.205306199.967
1.798-1.8710.2131340.20227610.202289699.965
1.871-1.9540.2061240.19926900.1992814100
1.954-2.0480.2051090.18925680.1892677100
2.048-2.1590.2281310.19324510.195258399.961
2.159-2.2890.1991440.1922950.1912439100
2.289-2.4460.2241200.19921890.2231199.913
2.446-2.640.2481160.20120210.2032137100
2.64-2.890.247930.21119020.2121995100
2.89-3.2280.2391130.20516900.207180499.945
3.228-3.720.203940.19915150.21609100
3.72-4.5380.226770.17413060.177138999.568
4.538-6.3460.216550.21810400.218109999.636
6.346-300.298280.2636000.26567892.625

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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