登録情報 | データベース: PDB / ID: 2po0 |
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タイトル | Crystal structure of the P. abyssi exosome RNase PH ring complexed with ADP in double conformation |
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要素 | - Probable exosome complex exonuclease 1
- Probable exosome complex exonuclease 2
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キーワード | hydrolase/hydrolase / RNase PH / hydrolase-hydrolase COMPLEX |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / U4 snRNA 3'-end processing / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA catabolic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity類似検索 - 分子機能 Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily ...Exosome complex component Rrp41 / Exosome complex component Rrp42, archaea / : / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Exosome complex component Rrp42 / Exosome complex component Rrp41類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | ![](img/tx_archaea.gif) Pyrococcus abyssi (古細菌) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å |
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データ登録者 | Navarro, M.V.A.S. / Guimaraes, B.G. |
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Insights into the mechanism of progressive RNA degradation by the archaeal exosome. 著者: Navarro, M.V.A.S. / Oliveira, C.C. / Zanchin, N.I. / Guimaraes, B.G. |
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履歴 | 登録 | 2007年4月25日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2008年3月18日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2011年7月13日 | Group: Version format compliance |
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改定 1.2 | 2023年8月30日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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