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- PDB-2pn4: Crystal Structure of Hepatitis C Virus IRES Subdomain IIa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pn4
タイトルCrystal Structure of Hepatitis C Virus IRES Subdomain IIa
要素
  • 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
  • 5'-R(*GP*CP*GP*(5BU)P*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*(5BU)P*CP*CP*GP*G)-3'
キーワードRNA / HCV / IRES / subdoamin IIa / Strontium / Hepatitis
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Zhao, Q. / Han, Q. / Kissinger, C.R. / Thompson, P.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of hepatitis C virus IRES subdomain IIa.
著者: Zhao, Q. / Han, Q. / Kissinger, C.R. / Hermann, T. / Thompson, P.A.
履歴
登録2007年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*(5BU)P*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*(5BU)P*CP*CP*GP*G)-3'
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*(5BU)P*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*(5BU)P*CP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,29514
ポリマ－28,4184
非ポリマー87610
水1,20767
1
A: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*(5BU)P*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*(5BU)P*CP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6477
ポリマ－14,2092
非ポリマー4385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-144.5 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
2
C: 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'
D: 5'-R(*GP*CP*GP*(5BU)P*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*(5BU)P*CP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,6477
ポリマ－14,2092
非ポリマー4385
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-144.5 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.286, 48.730, 119.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is generated by applying the operation X, Y, Z to chains A, B or by applying the operation X, Y, Z to chains C, D.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*UP*GP*UP*CP*UP*UP*CP*AP*CP*GP*CP*C)-3'


分子量: 7644.589 Da / 分子数: 2 / 断片: HCV IRES Subdomain IIa (residue 47-70) / 変異: G47C,U48G,A70C / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence of RNA naturally exists in hepatitis C virus
#2: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*(5BU)P*GP*UP*CP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*(5BU)P*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 6564.623 Da / 分子数: 2 / 断片: HCV IRES Subdomain IIa (residue 98-117) / 変異: A99C,A116G / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence of RNA naturally exists in hepatitis C virus
#3: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.2
詳細: 30% MPD, 80mM SrCl2, 25mM NaCl, 50mM Cacodylate equilibrated with 60%MPD, pH 6.2, EVAPORATION, temperature 290.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
130% MPD11
2SrCl211
3NaCl11
4Cacodylate11
560%MPD12

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→59.98 Å / Num. all: 12751 / Num. obs: 12228 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 59.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.32→2.43 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.714 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1247 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PN3

2pn3


解像度: 2.32→59.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 16.579 / SU ML: 0.22 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.445 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: spare matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32037 598 4.9 %RANDOM
Rwork0.26141 ---
all0.26515 12210 --
obs0.26405 11590 94.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.272 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.24 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---2.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.38 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.335 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→59.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1860 10 67 1937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212072
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.83533224
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1650.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2790.21250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.294
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2220.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3170.210
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.40932562
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.944.53224
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.43 36 -
Rwork0.301 752 -
obs-1247 86.03 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.85450.14860.4450.44170.28932.89510.0175-0.22780.2657-0.141-0.1201-0.242-0.20870.18550.1026-0.0837-0.04470.011-0.0901-0.0115-0.0066-9.5438-7.19414.8938
20.2019-0.10020.09572.8179-0.03312.0653-0.173-0.1624-0.1329-0.28270.05460.26170.2838-0.19080.1184-0.0229-0.0504-0.0022-0.10240.0186-0.017-29.1709-27.023915.1391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA47 - 701 - 24
2X-RAY DIFFRACTION1BB98 - 1171 - 20
3X-RAY DIFFRACTION2CC47 - 701 - 24
4X-RAY DIFFRACTION2DD98 - 1171 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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