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- PDB-2pm4: Human alpha-defensin 1 (multiple Arg->Lys mutant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pm4
タイトルHuman alpha-defensin 1 (multiple Arg->Lys mutant)
要素Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antimicrobial / defensin / mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa ...pore-forming activity / disruption of plasma membrane integrity in another organism / Defensins / killing by host of symbiont cells / T cell chemotaxis / Alpha-defensins / defense response to protozoan / defense response to fungus / estrogen receptor signaling pathway / innate immune response in mucosa / Golgi lumen / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / azurophil granule lumen / antibacterial humoral response / cellular response to lipopolysaccharide / : / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to virus / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Neutrophil degranulation / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Mammalian defensins signature. / Alpha-defensin, C-terminal / Mammalian defensin / Alpha-defensin propeptide / Alpha-defensin / Defensin propeptide / Defensin propeptide / Beta/alpha-defensin, C-terminal / Defensin/corticostatin family
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil defensin 1 / Neutrophil defensin 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Toward understanding the cationicity of defensins. Arg and Lys versus their noncoded analogs.
著者: Zou, G. / de Leeuw, E. / Li, C. / Pazgier, M. / Li, C. / Zeng, P. / Lu, W.Y. / Lubkowski, J. / Lu, W.
履歴
登録2007年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)
B: Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8242
ポリマ－6,8242
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)

A: Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8242
ポリマ－6,8242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
2
B: Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)

B: Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8242
ポリマ－6,8242
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.383, 41.383, 97.165
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-45-

HOH

詳細biological dimer is formed by chain B and its symmetry related by operator -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Neutrophil defensin 1 (HNP-1) (HP-1) (HP1) (Defensin, alpha 1)


分子量: 3412.079 Da / 分子数: 2 / 変異: Arg14->Lys, Arg15->Lys, Arg24->Lys / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DEFA1, DEF1, DEFA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59665, UniProt: P59666*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.4 M ammonium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月2日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 6505 / Num. obs: 6505 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 610 / Rsym value: 0.412 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DFN

1dfn


解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.802 / SU ML: 0.1 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2486 306 4.7 %RANDOM
Rwork0.19222 ---
all0.19479 6190 --
obs0.19479 6190 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.312 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3333 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数470 0 0 90 560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.022488
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9151.957660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.148558
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg22.68922.22218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9871580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.618152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.260
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0941.5304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6442468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6793228
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3814.5192
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.949→1.999 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 18 -
Rwork0.245 432 -
obs--96.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.49774.8531-1.299811.72061.18964.5792-0.1420.0878-0.3918-0.5252-0.009-0.1991-0.03940.04660.1511-0.18870.02390.037-0.24250.0422-0.1808-16.319710.356219.3084
25.4343-5.043-4.702917.157510.335311.07250.0315-0.1843-0.13160.29770.38490.22380.05370.0402-0.4165-0.19550.04010.0514-0.11990.0534-0.2485-4.89024.19310.5004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 301 - 30
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 301 - 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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