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万見
- PDB-2pkt: Crystal structure of the human CLP-36 (PDLIM1) bound to the C-ter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pkt
タイトルCrystal structure of the human CLP-36 (PDLIM1) bound to the C-terminal peptide of human alpha-actinin-1
要素PDZ and LIM domain protein 1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PDZ DOMAIN / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / maintenance of cell polarity / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / fibroblast migration / stress fiber assembly / filamentous actin / stress fiber / adherens junction ...establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / muscle structure development / muscle alpha-actinin binding / maintenance of cell polarity / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / fibroblast migration / stress fiber assembly / filamentous actin / stress fiber / adherens junction / Z disc / heart development / actin binding / actin cytoskeleton organization / response to oxidative stress / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / cytoskeleton / response to hypoxia / focal adhesion / regulation of transcription by RNA polymerase II / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PDZ and LIM domain protein 1 / Zasp-like motif / ZASP-like motif / Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. ...PDZ and LIM domain protein 1 / Zasp-like motif / ZASP-like motif / Domain of unknown function DUF4749 / Domain of unknown function (DUF4749) / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PDZ and LIM domain protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Uppenberg, J. / Gileadi, C. / Elkins, J. / Bray, J. / Burgess-Brown, N. / Salah, E. / Gileadi, O. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. ...Uppenberg, J. / Gileadi, C. / Elkins, J. / Bray, J. / Burgess-Brown, N. / Salah, E. / Gileadi, O. / Bunkoczi, G. / Ugochukwu, E. / Umeano, C. / von Delft, F. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Doyle, D.A. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2010
タイトル: Unusual binding interactions in PDZ domain crystal structures help explain binding mechanisms
著者: Elkins, J.M. / Gileadi, C. / Shrestha, L. / Phillips, C. / Wang, J. / Muniz, J.R. / Doyle, D.A.
履歴
登録2007年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.42021年6月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月21日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999 SEQUENCE C-TERMINAL RESIDUES 87-90 (GLU-SER-ASP-LEU) CORRESPOND TO THE C-TERMINAL TAIL OF HUMAN ... SEQUENCE C-TERMINAL RESIDUES 87-90 (GLU-SER-ASP-LEU) CORRESPOND TO THE C-TERMINAL TAIL OF HUMAN ALPHA-ACTININ-1, UNIPROT ENTRY ACTN1_HUMAN, ACCESSION CODE P12814, SEQUENCE POSITION 889-892.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PDZ and LIM domain protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2087
ポリマ－9,7331
非ポリマー4756
水1,892105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.740, 38.740, 246.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

CA

21A-203-

CL

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 PDZ and LIM domain protein 1 / Elfin / LIM domain protein CLP-36 / C-terminal LIM domain protein 1


分子量: 9732.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Heart / 遺伝子: PDLIM1, CLIM1, CLP36 / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00151

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非ポリマー , 6種, 111分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 40% PEG 300, 0.2M Calcium acetate, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.79987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.79987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 18632 / Num. obs: 18632 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.8 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2617 / % possible all: 89.6

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å14.02 Å
Translation2.5 Å14.02 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0034精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: in-house model

解像度: 1.5→41.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.157 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.076 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 960 5.2 %RANDOM
Rwork0.212 ---
all0.213 18632 --
obs0.213 18632 98.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.375 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.17 Å20.09 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数677 0 26 105 808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.021712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02477
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9191.986959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76731177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.118592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05725.51729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.28215118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.39154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0550.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02122
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1510.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0740.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.255
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1040.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2130.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0540.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2361.5476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0481.5187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.392733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6963267
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0824.5225
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 67 -
Rwork0.339 1123 -
obs-1190 89.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71913.98645.357184.014524.174611.50330.2156-0.0925-0.5429-0.41980.0242-1.64110.2860.5124-0.23980.09850.0650.03810.1151-0.01360.217718.5156-15.30159.8475
20.97350.47350.13661.715-0.32231.86670.0758-0.1664-0.01040.1473-0.1096-0.00780.05020.05580.03380.08760.0005-0.00870.0313-0.01540.06579.3454-9.45148.2653
316.4618-11.95492.532115.48410.14623.3485-0.17690.0892-0.18110.37970.17320.7436-0.0805-0.08590.00370.0918-0.02990.0240.02890.0030.141222.223-28.5756-2.6658
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
110 - 91 - 10
2210 - 8411 - 85
3385 - 9086 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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