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- PDB-2pju: Crystal structure of propionate catabolism operon regulatory prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pju
タイトルCrystal structure of propionate catabolism operon regulatory protein prpR
要素Propionate catabolism operon regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / structural genomics / prpR / transcriptional regulation / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to radiation / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity ...propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription activator activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to radiation / protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal transduction response regulator, propionate catabolism, transcriptional regulator PrpR / PrpR receptor domain-like / Signal transduction response regulator, propionate catabolism activator, N-terminal / Propionate catabolism activator / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain ...Signal transduction response regulator, propionate catabolism, transcriptional regulator PrpR / PrpR receptor domain-like / Signal transduction response regulator, propionate catabolism activator, N-terminal / Propionate catabolism activator / Sigma-54 interaction domain, conserved site / Sigma-54 interaction domain C-terminal part signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Response regulator / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Propionate catabolism operon regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Wu, B. / Koss, J. / Groshong, C. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of propionate catabolism operon regulatory protein prpR
著者: Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Gilmore, M. / Wu, B. / Koss, J. / Groshong, C. / Gheyi, T. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Propionate catabolism operon regulatory protein
B: Propionate catabolism operon regulatory protein
C: Propionate catabolism operon regulatory protein
D: Propionate catabolism operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3074
ポリマ－100,3074
非ポリマー00
水4,900272
1
A: Propionate catabolism operon regulatory protein
B: Propionate catabolism operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1532
ポリマ－50,1532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area17840 Å2
手法PISA
2
C: Propionate catabolism operon regulatory protein
D: Propionate catabolism operon regulatory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1532
ポリマ－50,1532
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.657, 58.545, 103.576
Angle α, β, γ (deg.)85.030, 88.560, 86.940
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Biological unit appears to be dimer

-
要素

#1: タンパク質
Propionate catabolism operon regulatory protein


分子量: 25076.641 Da / 分子数: 4 / 変異: A96F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12, MG1655 / 遺伝子: prpR, b0330, JW0322 / プラスミド: BC-psSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77743
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Hepes pH 7.5, 15% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.9793
シンクロトロンAPS 31-ID20.9793
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2007年2月28日
MAR CCD 165 mm2CCD2007年3月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21
Reflection冗長度: 2.5 % / Av σ(I) over netI: 7.2 / 数: 119318 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.22 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 47669 / % possible obs: 97.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.52509610.0822.9852.5
3.594.529910.0732.3092.5
3.143.5998.710.0821.8862.5
2.853.1498.510.0931.3792.5
2.652.8598.510.1150.9622.5
2.492.6598.210.1380.7182.6
2.372.4997.910.1610.5772.5
2.262.3797.910.1970.5052.4
2.182.2697.410.2480.4712.6
2.12.1897.310.3130.412.4
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 47669 / Num. obs: 47669 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.219 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4671 / Rsym value: 0.296 / Χ2: 0.41 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
MAR345CCDデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.285 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2436 5.1 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.204 47666 --
obs0.204 47666 97.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.64 Å2-0.18 Å2-0.41 Å2
2--1.34 Å20.44 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5946 0 0 272 6218
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0226042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.9658185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6695764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.49823.622254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.19151055
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8121543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024456
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22618
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24208
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7821.53920
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24226139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02132378
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1264.52046
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 173 -
Rwork0.229 3214 -
obs-3387 95.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8615-1.40190.46513.5375-1.1751.7957-0.1027-0.02870.010.27230.0508-0.1419-0.1951-0.02590.0519-0.1743-0.03220.0102-0.06570.0053-0.178527.998222.862689.4268
22.46630.53050.68563.56410.79072.2245-0.1705-0.06860.1133-0.22410.0941-0.1131-0.39990.14190.0764-0.1136-0.01470.008-0.077-0.0012-0.163640.614823.4699114.3102
31.96440.70530.37514.320.05971.0745-0.13240.00150.1248-0.26120.093-0.0372-0.22410.0210.0394-0.12160.02610.0245-0.1524-0.0132-0.191623.602748.686761.7756
41.6797-1.65820.79334.7559-1.88072.1042-0.14840.1165-0.01270.25660.0068-0.0389-0.19560.05270.1416-0.1369-0.04030.01340.0005-0.0265-0.12449.53752.8637141.8382
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA13 - 19615 - 198
22BB13 - 19715 - 199
33CC13 - 19815 - 200
44DD13 - 20415 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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