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- PDB-2pjl: Crystal Structure of Human Estrogen-Related Receptor alpha in Com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pjl
タイトルCrystal Structure of Human Estrogen-Related Receptor alpha in Complex with a Synthetic Inverse Agonist reveals its Novel Molecular Mechanism
要素Steroid hormone receptor ERR1
キーワードTRANSCRIPTION / nuclear hormone receptor / ligand binding domain / ligand binding pocket / three-layered alpha-helical sandwich / inverse agonist / helix 12 (H12) / coactivator groove
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / intercellular bridge / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / fibrillar center / Nuclear Receptor transcription pathway / Regulation of RUNX2 expression and activity ...nuclear steroid receptor activity / intercellular bridge / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / fibrillar center / Nuclear Receptor transcription pathway / Regulation of RUNX2 expression and activity / nuclear receptor activity / microtubule cytoskeleton / sequence-specific double-stranded DNA binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-047 / Steroid hormone receptor ERR1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human estrogen-related receptor alpha in complex with a synthetic inverse agonist reveals its novel molecular mechanism.
著者: Kallen, J. / Lattmann, R. / Beerli, R. / Blechschmidt, A. / Blommers, M.J. / Geiser, M. / Ottl, J. / Schlaeppi, J.M. / Strauss, A. / Fournier, B.
履歴
登録2007年4月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月17日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid hormone receptor ERR1
B: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6994
ポリマ－54,0342
非ポリマー6652
水4,252236
1
A: Steroid hormone receptor ERR1
B: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子

A: Steroid hormone receptor ERR1
B: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子

A: Steroid hormone receptor ERR1
B: Steroid hormone receptor ERR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,09712
ポリマ－162,1036
非ポリマー1,9956
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area21560 Å2
ΔGint-116 kcal/mol
Surface area48960 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.465, 96.465, 134.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
詳細the biological unit is a dimer as in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Steroid hormone receptor ERR1 / Estrogen-related receptor / alpha / ERR- alpha / Estrogen receptor-like 1


分子量: 27017.096 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 変異: C325S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRA, ERR1, ESRL1, NR3B1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: P11474
#2: 化合物 ChemComp-047 / 1-CYCLOHEXYL-N-{[1-(4-METHYLPHENYL)-1H-INDOL-3-YL]METHYL}METHANAMINE / N-(シクロヘキシルメチル)-1-p-トリル-1H-インド-ル-3-メタンアミン


分子量: 332.482 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H28N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M MgCl2, 12%PEG400, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 12.5 % / Av σ(I) over netI: 13.5 / 数: 256183 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.05 / D res high: 2.3 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 20542 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.932098.810.0412.29213.6
3.934.9399.710.0592.15614.6
3.433.9396.710.0741.7669.9
3.123.4399.710.0741.13212.9
2.93.1210010.0930.75713.2
2.732.910010.1130.6413
2.592.7310010.1490.57712.8
2.482.5910010.1620.3712.4
2.382.4810010.1980.3111.8
2.32.3899.910.2420.26610.4
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 20542 / Num. obs: 20542 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 48.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Χ2: 1.054 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2055 / Rsym value: 0.242 / Χ2: 0.266 / % possible all: 99.9

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.492 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.478
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.95 Å
Translation3 Å19.95 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XB7 with H12 removed

1xb7


解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 8.255 / SU ML: 0.205 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.451 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1056 5.1 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.222 20528 --
obs0.222 20528 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.86 Å20.43 Å20 Å2
2--0.86 Å20 Å2
3----1.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3388 0 50 236 3674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1272.0214722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4335430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01524.028144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51315628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0571526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.22409
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.250.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4891.52256
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84823446
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.06231423
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.6854.51276
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 81 -
Rwork0.277 1416 -
obs-1497 99.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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