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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2piy | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVATED PORCINE PANCREATIC CARBOXYPEPTIDASE B (S)-2-(3-Aminomethyl-phenyl)-3-{hydroxy-[(R)-2-methyl-1-(3-phenyl-propane-1-sulfonylamino)-propyl]-phosphinoyl}-propionic acid {ZK 528} COMPLEX | ||||||
![]() | Carboxypeptidase B | ||||||
![]() | HYDROLASE / CARBOXYPEPTIDASE B / EXOPEPTIDASE / Phosphinate BASED INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() carboxypeptidase B / metallocarboxypeptidase activity / cytoplasmic vesicle / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Adler, M. / Whitlow, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of potent selective peptide mimetics bound to carboxypeptidase B. 著者: Adler, M. / Buckman, B. / Bryant, J. / Chang, Z. / Chu, K. / Emayan, K. / Hrvatin, P. / Islam, I. / Morser, J. / Sukovich, D. / West, C. / Yuan, S. / Whitlow, M. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Potent Thiol-Based Inhibitors Bound to Carboxypeptidase B. 著者: Adler, M. / Bryant, J. / Buckman, B. / Islam, I. / Larsen, B. / Finster, S. / Kent, L. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Whitlow, M. #2: ![]() タイトル: 3-Mercaptopropionic acids as efficacious inhibitors of activated thrombin activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa). 著者: Islam, I. / Bryant, J. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Kent, L. / Morser, J. / Zhao, L. / Vergona, R. / White, K. / Adler, M. / Whitlow, M. / Buckman, B.O. #3: ![]() タイトル: A novel inhibitor of activated thrombin-activatable fibrinolysis inhibitor (TAFIa)-part I: pharmacological characterization. 著者: Islam, I. / Bryant, J. / May, K. / Mohan, R. / Yuan, S. / Kent, L. / Morser, J. / Zhao, L. / Vergona, R. / White, K. / Adler, M. / Whitlow, M. / Buckman, B.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 214.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 65.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pizC ![]() 2pj0C ![]() 2pj1C ![]() 2pj2C ![]() 2pj3C ![]() 2pj4C ![]() 2pj5C ![]() 2pj6C ![]() 2pj7C ![]() 2pj8C ![]() 2pj9C ![]() 2pjaC ![]() 2pjbC ![]() 2pjcC ![]() 1z5rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34739.859 Da / 分子数: 3 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: SODIUM CHLORIDE, TRIS, SODIUM CACODYLATE, PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 6.50 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→50 Å / Num. obs: 158279 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.11 % / Biso Wilson estimate: 13.1 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.62 / Rsym value: 0.404 / % possible all: 94.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Z5R 解像度: 1.43→21.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 521932.54 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.05 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.8 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→21.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.43→1.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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