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万見
- PDB-2pid: Crystal structure of human mitochondrial tyrosyl-tRNA synthetase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pid
タイトルCrystal structure of human mitochondrial tyrosyl-tRNA synthetase in complex with an adenylate analog
要素Tyrosyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / AMINOACYL-TRNA SYNTHETASE / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / ATP-binding / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial tyrosyl-tRNA aminoacylation / L-tyrosine binding / Mitochondrial tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / tRNA binding / nuclear body / mitochondrial matrix / translation ...mitochondrial tyrosyl-tRNA aminoacylation / L-tyrosine binding / Mitochondrial tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / tRNA binding / nuclear body / mitochondrial matrix / translation / protein homodimerization activity / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold ...Tyrosine-tRNA ligase, bacterial-type / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / RNA-binding S4 domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / Tyrosine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Bonnefond, L. / Frugier, M. / Touze, E. / Lorber, B. / Florentz, C. / Giege, R. / Sauter, C. / Rudinger-Thirion, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Mitochondrial Tyrosyl-tRNA Synthetase Reveals Common and Idiosyncratic Features.
著者: Bonnefond, L. / Frugier, M. / Touze, E. / Lorber, B. / Florentz, C. / Giege, R. / Sauter, C. / Rudinger-Thirion, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007
タイトル: Tyrosyl-tRNA synthetase: the first crystallization of a human mitochondrial aminoacyl-tRNA synthetase
著者: Bonnefond, L. / Frugier, M. / Touze, E. / Lorber, B. / Florentz, C. / Giege, R. / Rudinger-Thirion, J. / Sauter, C.
履歴
登録2007年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / pdbx_entity_src_syn / Item: _entity.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosyl-tRNA synthetase
B: Tyrosyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9444
ポリマ－79,9252
非ポリマー1,0192
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area27180 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.000, 62.400, 194.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosyl-tRNA synthetase / Tyrosine-tRNA ligase / TyrRS


分子量: 39962.371 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 28-375 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YARS2 / プラスミド: pQE70-mt-TyrRS-[Delta]S4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9Y2Z4, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-YSA / 5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE / TYROSYLADENYLATE / 5′-O-(L-Tyr-アミノスルホニル)アデノシン


分子量: 509.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N7O8S / 詳細: 5'-O-[N-(L-TYROSYL)SULFAMOYL]ADENOSINE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.01 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 3 mg/ml protein, 30% (m/v) PEG 4000, 200 mM Ammonium acetate, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 100 mM Tris-HCl pH 7.5, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 6.50

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97565
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 34168 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 12.2 % / Rmerge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Rsym value: 0.427 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1VBM

1vbm


解像度: 2.2→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2251160.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 1700 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.193 34156 99.6 %-
all-34156 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 46.68 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.6 Å20 Å20 Å2
2--3.12 Å20 Å2
3----10.72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5102 0 70 90 5262
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.71
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.832
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.842.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.83
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 171 5.2 %
Rwork0.228 3132 -
obs--98 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3YSA.PARAMYSA.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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