PDB-2pfv: S. cerevisiae Exo70 with additional residues to 2.1 Angrstrom res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pfv

タイトル

S. cerevisiae Exo70 with additional residues to 2.1 Angrstrom resolution

要素

Exocyst complex component EXO70

キーワード

ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / helix-turn-helix / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

exocyst assembly / exocyst localization / exocyst / prospore membrane / incipient cellular bud site / cellular bud tip / Golgi to plasma membrane transport / cellular bud neck / mating projection tip / vesicle docking involved in exocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Moore, B.A. / Robinson, H.H. / Xu, Z.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The crystal structure of mouse Exo70 reveals unique features of the mammalian exocyst.
著者: Moore, B.A. / Robinson, H.H. / Xu, Z.

履歴

登録	2007年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年12月17日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pfv.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pfv.ent.gz	93 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pf/2pfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pftC 2b1e 2b7m C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2b1e-d 2b7m-2 2b7m-4 2pft-d 495 2b7m-1 3um1-1 4i0k-1 3syv-2 2r1a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Exocyst complex component EXO70

64.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.541, 60.073, 222.733
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex protein of 70 kDa 分子量: 64621.535 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 62-623 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: EXO70 / プラスミド: pSJ7D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P19658
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Exocyst complex component EXO70 / Exocyst complex protein of 70 kDa

分子量: 64621.535 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 62-623 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EXO70 / プラスミド: pSJ7D / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P19658

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.81 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化	温度: 278.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 20.5% PEG 300, 0.2M lithium chloride, 0.1M glycine, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 77 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月7日 / 詳細: Vertical focusing mirror

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 6.3 % / Av σ(I) over netI: 9.9 / 数: 222788 / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.9 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 64253 / % possible obs: 95.4

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	50	99.5	1	0.068	6.617	6.5
3.59	4.52	99.9	1	0.064	3.071	6.9
3.14	3.59	100	1	0.077	1.966	7.1
2.85	3.14	100	1	0.109	1.272	7.2
2.65	2.85	100	1	0.14	0.963	7.1
2.49	2.65	100	1	0.182	0.777	6.9
2.37	2.49	99.5	1	0.223	0.673	6.3
2.26	2.37	94.6	1	0.271	0.61	5.5
2.18	2.26	85.6	1	0.308	0.663	4.9
2.1	2.18	74	1	0.357	0.513	3.9

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 64253 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 1.905 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.357 / Num. unique all: 2679 / Χ²: 0.513 / % possible all: 74

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.6 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.39 / 反射: 18846

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	0.348	23.874	170.555	SE	39.3	1.42
2	29.767	35.699	205.458	SE	44	1.46
3	38.447	28.295	153.842	SE	38.8	1
4	32.553	43.845	154.566	SE	51.9	0.98
5	42.58	4.654	210.526	SE	49.4	1
6	45.065	55.515	207.707	SE	60	1.07
7	33.932	23.809	148.551	SE	44.8	0.66
8	15.35	29.607	158.817	SE	19.8	0.33
9	32.309	31.326	214.476	SE	60	1.14
10	7.321	38.387	169.871	SE	34.7	0.43
11	3.402	33.792	170.944	SE	29.9	0.3
12	7.152	57.28	199.243	SE	12.9	0.21
13	27.137	52.098	203.912	SE	60	0.47

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.19-30	0.35	1038
5.86-9.19	0.49	1636
4.6-5.86	0.45	2070
3.91-4.6	0.45	2424
3.45-3.91	0.43	2651
3.13-3.45	0.38	2884
2.88-3.13	0.32	3022
2.68-2.88	0.27	3121

Phasing dm

FOM : 0.69 / FOM acentric: 0.69 / FOM centric: 0.63 / 反射: 18846 / Reflection acentric: 16162 / Reflection centric: 2684

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-29.767	0.91	0.94	0.86	929	595	334
4.6-7.4	0.86	0.9	0.72	2669	2129	540
3.7-4.6	0.85	0.87	0.74	3279	2761	518
3.3-3.7	0.77	0.78	0.64	3216	2813	403
2.8-3.3	0.58	0.59	0.47	5508	4915	593
2.6-2.8	0.41	0.42	0.33	3245	2949	296

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE	2.09	位相決定
CNS	1.2	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→40.84 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 102660.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED. THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	2968	4.9 %	RANDOM
R_work	0.237	-	-	-
obs	-	60854	88.3 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 31.434 Å² / k_sol: 0.3 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.6 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	16.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.34 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.33 Å	0.3 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.31 Å	0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4304	0	0	111	4415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.1
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	18.2
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.72
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.31	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	2.06	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.1	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.08	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.23 Å / R_factor R_free error: 0.018 / Total num. of bins used: 6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	299	4.3 %
R_work	0.316	6617	-
obs	-	6916	60.4 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	water_rep.param	water.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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