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- PDB-2pfb: Structure of oxidized OhrR from Xanthamonas campestris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pfb
タイトルStructure of oxidized OhrR from Xanthamonas campestris
要素Transcriptional regulator OhrR
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / transcriptional regulator / MarR family
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...: / Transcriptional regulator SarA/Rot / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MarR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Brennan, R.G. / Newberry, K.J.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2007
タイトル: Structural Mechanism of Organic Hydroperoxide Induction of the Transcription Regulator OhrR.
著者: Newberry, K.J. / Fuangthong, M. / Panmanee, W. / Mongkolsuk, S. / Brennan, R.G.
#1: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2006
タイトル: Novel organic hydroperoxide-sensing and responding mechanisms for OhrR, a major bacterial sensor and regulator of organic hydroperoxide stress
著者: Panmanee, W. / Vattanaviboon, P. / Poole, L.B. / Mongkolsuk, S.
履歴
登録2007年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator OhrR
B: Transcriptional regulator OhrR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8772
ポリマ－33,8772
非ポリマー00
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area12620 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)61.140, 98.260, 88.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細the biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator OhrR


分子量: 16938.436 Da / 分子数: 2 / 変異: C131S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris (バクテリア)
遺伝子: ohrR / プラスミド: PET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93R11
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG 4000, 300mM magnesium chloride, 100 mM Tris, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→33.76 Å / Num. all: 20491 / Num. obs: 20477 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 6.13 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 2012 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 100

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位相決定

Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å33.76 Å
Translation2.5 Å33.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: residues 18 to 107 from pdb entry 2PEX

2pex


解像度: 1.93→33.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / FOM work R set: 0.84 / Data cutoff high absF: 1872286.375 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 995 4.9 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.219 20477 99.8 %-
all-20491 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.354 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3---3.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.12 Å-0.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→33.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1975 0 0 84 2059
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.732
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.562.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.93-1.970.347370.2610121049
1.97-20.28530.24410171070
2-2.040.296540.22710031057
2.04-2.090.258530.2059881041
2.09-2.140.237600.20110301090
2.14-2.190.27580.1919881046
2.19-2.250.24590.18910101069
2.25-2.320.268480.20510301078
2.32-2.390.221540.22810011055
2.39-2.480.292510.22110281079
2.48-2.580.272610.22710091070
2.58-2.690.284560.24210231079
2.69-2.830.333450.24110161061
2.83-3.010.24480.24210381086
3.01-3.240.252570.23910321089
3.24-3.570.279510.22310341085
3.57-4.090.237470.210581105
4.09-5.150.194520.18410551107
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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