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- PDB-2pf5: Crystal Structure of the Human TSG-6 Link Module -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pf5
タイトルCrystal Structure of the Human TSG-6 Link Module
要素Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
キーワードCELL ADHESION / LINK MODULE / HYALURONAN-BINDING DOMAIN / ALPHA/BETA DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / negative regulation of neutrophil chemotaxis / carboxylesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway ...fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / negative regulation of neutrophil chemotaxis / carboxylesterase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of receptor clustering / negative regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / cell-cell signaling / ficolin-1-rich granule lumen / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. ...: / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Higman, V.A. / Mahoney, D.J. / Noble, M.E.M. / Day, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Plasticity of the TSG-6 HA-binding loop and mobility in the TSG-6-HA complex revealed by NMR and X-ray crystallography
著者: Higman, V.A. / Blundell, C.D. / Mahoney, D.J. / Redfield, C. / Noble, M.E. / Day, A.J.
履歴
登録2007年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年11月19日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
B: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
C: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
D: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
E: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,99712
ポリマ－54,7335
非ポリマー2,2657
水7,458414
1
A: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9471
ポリマ－10,9471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8724
ポリマ－10,9471
非ポリマー9253
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9471
ポリマ－10,9471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7763
ポリマ－10,9471
非ポリマー8292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4573
ポリマ－10,9471
非ポリマー5112
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.816, 75.870, 90.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.42, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
12A
22B
32C
42D
52E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA1 - 621 - 62
21VALVALBB1 - 621 - 62
31VALVALCC1 - 621 - 62
41VALVALDD1 - 621 - 62
51ILEILEEE1 - 611 - 61
12PROPROAA74 - 9574 - 95
22PROPROBB74 - 9574 - 95
32PROPROCC74 - 9574 - 95
42PROPRODD74 - 9574 - 95
52PROPROEE74 - 9574 - 95

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor-inducible protein TSG-6 / TNF- stimulated gene 6 protein / Hyaluronate-binding protein


分子量: 10946.578 Da / 分子数: 5 / 断片: LINK_MODULE, RESIDUES 36-133 IN PREPROTEIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: See Day et al. (1996) Protein Expression & Purification 8, 1-16.
遺伝子: TNFAIP6, TSG6 / プラスミド: PRK172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P98066
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-2PE / NONAETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24-オクタオキサヘキサコサン-1,26-ジオ-ル


分子量: 414.488 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O10 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: A 2.5 ul drop formed from equal amounts of protein solution (7 mg/ml solution in approximately 25mM TrisHCl and 75mM NaCl) and well solution was equilibrated against 1 ml well solution (2 M ...詳細: A 2.5 ul drop formed from equal amounts of protein solution (7 mg/ml solution in approximately 25mM TrisHCl and 75mM NaCl) and well solution was equilibrated against 1 ml well solution (2 M Ammonium Sulphate, 2 % v/v PEG 400 and 0.1M Sodium Hepes (pH 7.5)), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→88.04 Å / Num. obs: 69439 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 4.08 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 6.35
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.98 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / % possible all: 98.62

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
直接法モデル構築
REFMAC5.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UUH - crystal structure of CD44

1uuh


解像度: 1.9→88.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 4.679 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22588 3499 5 %RANDOM
Rwork0.19439 ---
obs0.19596 65938 98.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.19 Å20 Å20.66 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→88.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3743 0 191 414 4348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214054
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.661.9645412
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.8825487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.6720.909187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61515648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5851543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.21909
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2210.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2410.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8741.52365
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27323621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.08631978
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8744.51771
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A411medium positional0.30.5
12B411medium positional0.240.5
13C411medium positional0.430.5
14D411medium positional0.220.5
15E411medium positional0.40.5
21A164medium positional0.310.5
22B164medium positional0.290.5
23C164medium positional0.280.5
24D164medium positional0.210.5
25E164medium positional0.380.5
11A411medium thermal1.082
12B411medium thermal0.942
13C411medium thermal0.882
14D411medium thermal0.762
15E411medium thermal1.422
21A164medium thermal0.922
22B164medium thermal0.712
23C164medium thermal0.792
24D164medium thermal0.882
25E164medium thermal0.992
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 226 -
Rwork0.238 4835 -
obs--98.39 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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