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- PDB-2pf4: Crystal structure of the full-length simian virus 40 small t anti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pf4
タイトルCrystal structure of the full-length simian virus 40 small t antigen complexed with the protein phosphatase 2A Aalpha subunit
要素
  • Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
  • Small T antigen
キーワードHYDROLASE REGULATOR/VIRAL PROTEIN / PP2A / SV40 / small t / DnaJ / Aalpha subunit / HYDROLASE REGULATOR-VIRAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Co-inhibition by CTLA4 / Beta-catenin phosphorylation cascade / Co-stimulation by CD28 / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Negative regulation of MAPK pathway / Spry regulation of FGF signaling ...Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Co-inhibition by CTLA4 / Beta-catenin phosphorylation cascade / Co-stimulation by CD28 / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Negative regulation of MAPK pathway / Spry regulation of FGF signaling / Regulation of TP53 Degradation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin D associated events in G1 / RAF activation / meiotic spindle elongation / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / PKR-mediated signaling / mitotic sister chromatid separation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / DARPP-32 events / protein phosphatase type 2A complex / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / INTAC complex / RHO GTPases Activate Formins / Separation of Sister Chromatids / Platelet sensitization by LDL / FAR/SIN/STRIPAK complex / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / ERK/MAPK targets / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / female meiotic nuclear division / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / protein phosphatase regulator activity / protein antigen binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / protein serine/threonine phosphatase activity / T cell homeostasis / lateral plasma membrane / chromosome, centromeric region / negative regulation of hippo signaling / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / chromosome segregation / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / protein heterodimerization activity / neuronal cell body / dendrite / synapse / chromatin / host cell nucleus / glutamatergic synapse / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Small t-antigen, unique domain / Small/middle T-antigen / Small/middle T-antigen superfamily / T-antigen specific domain / DnaJ domain / : / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat ...Small t-antigen, unique domain / Small/middle T-antigen / Small/middle T-antigen superfamily / T-antigen specific domain / DnaJ domain / : / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / HEAT repeats / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Armadillo-like helical / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Small t antigen / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Small t antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Cho, U. / Morrone, S. / Xu, W.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of PP2A inhibition by small t antigen.
著者: Cho, U.S. / Morrone, S. / Sablina, A.A. / Arroyo, J.D. / Hahn, W.C. / Xu, W.
履歴
登録2007年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年5月22日Group: Database references
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
C: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
D: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
E: Small T antigen
F: Small T antigen
G: Small T antigen
H: Small T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,16916
ポリマ－343,6468
非ポリマー5238
水00
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
E: Small T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0424
ポリマ－85,9122
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
F: Small T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0424
ポリマ－85,9122
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
G: Small T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0424
ポリマ－85,9122
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
H: Small T antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0424
ポリマ－85,9122
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.711, 105.501, 111.937
Angle α, β, γ (deg.)115.64, 109.55, 94.11
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / PP2A / subunit A / PR65-alpha isoform / PP2A / subunit A / R1-alpha isoform


分子量: 65392.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ppp2r1a / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 star / 参照: UniProt: Q76MZ3
#2: タンパク質
Small T antigen


分子量: 20519.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Simian virus 40 (ウイルス) / 属: Polyomavirus / 株: VA45-54-2 / 遺伝子: small t antigen / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star / 参照: UniProt: Q9W9P1, UniProt: P03081*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: 16% PEG 3350, 0.2 M Ammonium formate, 30 mM spermine, 6% 6-aminocaproic acid, 10 mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月17日
放射モノクロメーター: SINGLE CRYSTAL, CYLINDRICALLY BENT, SI(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.1 % / Av σ(I) over netI: 12 / 数: 441399 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.77 / D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 62490 / % possible obs: 98.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.675099.210.0383.1547.1
5.36.6799.510.0692.537.3
4.635.399.510.0712.3127.4
4.214.6399.210.0882.2137.5
3.914.2199.110.1151.6447.6
3.683.9199.110.1551.3727.6
3.493.6898.910.2271.1557.5
3.343.4998.810.3531.0017.3
3.213.3497.610.5150.9146.3
3.13.2189.710.7520.8724.8
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 62693 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rsym value: 0.076 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.758 / % possible all: 88.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5 Å15 Å
Translation5 Å15 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 62465
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
13.73-10040.70.63503
10.64-13.7332.70.773842
8.99-10.6432.70.7331061
7.93-8.9935.40.7381204
7.17-7.9340.10.7241355
6.6-7.1741.80.6991471
6.14-6.643.10.6821618
5.77-6.1438.70.7071709
5.46-5.7738.20.721790
5.19-5.4633.50.7621937
4.96-5.1931.50.7861998
4.76-4.9627.60.8072082
4.58-4.7628.30.82169
4.42-4.58280.812256
4.27-4.4228.70.7942320
4.14-4.2729.10.7942402
4.02-4.1429.90.7882451
3.91-4.0229.90.7822559
3.81-3.9129.20.7842642
3.71-3.81280.8012704
3.63-3.7130.20.7932703
3.55-3.6331.70.7782863
3.47-3.5531.60.7862884
3.4-3.4731.80.782881
3.33-3.433.70.7783027
3.27-3.3334.90.7593017
3.21-3.2736.50.723017
3.1-3.2142.70.6625000

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SHARP位相決定
直接法6位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IAE-A

2iae


解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 66.726 / SU ML: 0.527 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.601 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 3159 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.247 59306 97.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 114.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.04 Å2-0.5 Å21.94 Å2
2---2.8 Å2-1.19 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22794 0 8 0 22802
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02223214
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.98331440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85552888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.30124.708975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.662154282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.11115136
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.23704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0216959
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.211869
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.216124
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2380.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3911.514903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.704223483
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.93339283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5634.57957
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 181 -
Rwork0.328 3486 -
obs--79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.62042.0250.63233.27530.31111.9962-0.0755-0.11590.0316-0.26530.09270.1117-0.2936-0.0363-0.0173-0.7860.22090.0403-0.23370.0186-0.3398-45.914741.719623.6664
22.34071.04230.55234.7629-2.56196.1764-0.1396-0.16490.4193-0.04990.41850.6022-0.5149-0.84-0.2790.02570.207-0.1269-0.205-0.02840.071-30.182182.6418-9.1192
31.86011.1121-0.11843.03390.43361.6349-0.10170.04740.0192-0.1143-0.0117-0.02850.54050.16120.1134-0.67860.11470.0373-0.28410.0376-0.437814.855530.503324.4571
43.19380.20570.05854.94882.07982.3345-0.01690.1963-0.5147-0.13660.071-0.38120.62010.5294-0.05410.0549-0.00960.0787-0.3007-0.0507-0.02730.8889-10.2585-9.7242
51.6373-0.27260.34094.00070.21471.72090.1429-0.0105-0.1844-0.0094-0.10260.13610.3045-0.1629-0.0403-0.3274-0.0615-0.0071-0.19650.079-0.2644-43.155144.0397-25.4976
62.29690.8244-1.58432.6192-2.0836.1714-0.0598-0.1362-0.30640.2206-0.00950.7520.2829-1.11780.06930.31540.0568-0.05190.1069-0.09030.5155-45.919-0.87531.8639
71.03230.4096-0.25183.3273-0.57811.023-0.11240.3003-0.0837-0.2558-0.0314-0.2509-0.00760.17590.1439-0.31490.00740.0441-0.0409-0.0783-0.306816.15127.85-23.4715
80.79530.49060.4963.38162.51293.93220.1214-0.60690.6931.01670.0529-0.4071-1.08780.2949-0.17420.49190.0152-0.03140.4967-0.02830.585617.512873.11748.8981
93.37410.71020.64743.96421.0046.602-0.0337-0.0972-0.3793-0.14670.0512-0.08210.54130.0508-0.0175-0.68870.2412-0.02-0.35440.0319-0.2869-23.829821.484520.4066
106.8131-0.2558-0.4485.7546-0.04438.8878-0.00890.26390.4572-0.2964-0.08160.152-0.5832-0.42660.0906-0.8910.1835-0.083-0.28130.0483-0.2638-7.445650.010622.9672
115.3656-1.5582-0.18414.68430.31046.963-0.19260.47170.1949-0.27720.3619-0.3402-0.25920.7336-0.1693-0.2971-0.0893-0.0526-0.14190.0058-0.0148-16.676753.775-25.7009
124.2135-1.209-1.10614.1577-1.12895.3431-0.24950.658-0.1093-0.29220.23150.17010.4014-0.30570.018-0.3134-0.1549-0.0923-0.1664-0.0325-0.152-11.519620.7126-24.3323
1310.37158.4974-11.09116.9619-9.086911.8605-0.1838-0.43520.6453-1.2808-0.9850.891-1.5453-1.06241.16880.00540.0062-0.00720.0012-0.00320.0015-25.326127.02887.6953
1416.95675.6945-6.54195.26683.562912.41370.7121.71620.7612-0.6699-0.30430.3192-1.9282-1.1786-0.40770.00610.0208-0.00950.01130.0042-0.0135-6.54245.900910.3077
153.9206-5.87834.6378.8133-6.95235.4842-0.32220.3724-1.6124-0.66130.4637-0.7942-0.16420.8451-0.14150.0035-0.00770.00370.002-0.0002-0.001-18.270349.4359-12.9577
163.9571-5.6483-5.36268.06227.65457.2673-0.0958-0.03120.8090.382-1.0015-0.5389-0.66431.12291.09730.0016-0.0036-0.0020.0001-0.0011-0.0013-10.133223.7838-11.3887
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA13 - 39513 - 395
2X-RAY DIFFRACTION2AA396 - 587396 - 587
3X-RAY DIFFRACTION3BB15 - 39515 - 395
4X-RAY DIFFRACTION4BB396 - 589396 - 589
5X-RAY DIFFRACTION5CC13 - 39513 - 395
6X-RAY DIFFRACTION6CC396 - 589396 - 589
7X-RAY DIFFRACTION7DD13 - 39513 - 395
8X-RAY DIFFRACTION8DD396 - 589396 - 589
9X-RAY DIFFRACTION9EE1 - 1721 - 172
10X-RAY DIFFRACTION10FF1 - 1721 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11GG1 - 1721 - 172
12X-RAY DIFFRACTION12HH1 - 1721 - 172
13X-RAY DIFFRACTION13EI - J601 - 6021
14X-RAY DIFFRACTION14FK - L701 - 7021
15X-RAY DIFFRACTION15GM - N801 - 8021
16X-RAY DIFFRACTION16HO - P901 - 9021

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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