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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ped | |||||||||
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タイトル | Crystallographic model of 9-cis-rhodopsin | |||||||||
要素 | Rhodopsin | |||||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / RHODOPSIN / G PROTEIN-COUPLED RECEPTOR / VISUAL PIGMENT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / photoreceptor inner segment membrane ...Opsins / VxPx cargo-targeting to cilium / opsin binding / rod bipolar cell differentiation / rod photoreceptor outer segment / sperm head plasma membrane / absorption of visible light / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / : / photoreceptor inner segment membrane / podosome assembly / G protein-coupled opsin signaling pathway / 11-cis retinal binding / G protein-coupled photoreceptor activity / cellular response to light stimulus / G protein-coupled receptor complex / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / thermotaxis / Activation of the phototransduction cascade / phototransduction, visible light / outer membrane / detection of temperature stimulus involved in thermoception / photoreceptor cell maintenance / arrestin family protein binding / photoreceptor outer segment membrane / G alpha (i) signalling events / phototransduction / photoreceptor outer segment / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / sperm midpiece / visual perception / guanyl-nucleotide exchange factor activity / photoreceptor disc membrane / microtubule cytoskeleton organization / cell-cell junction / gene expression / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / zinc ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Nakamichi, H. / Okada, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2007 タイトル: Photoisomerization mechanism of rhodopsin and 9-cis-rhodopsin revealed by x-ray crystallography 著者: Nakamichi, H. / Buss, V. / Okada, T. #1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007 タイトル: Protein assistance in the photoisomerization of rhodopsin and 9-cis-rhodopsin--insights from experiment and theory 著者: Sekharan, S. / Sugihara, M. / Weingart, O. / Okada, T. / Buss, V. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ped.cif.gz | 163.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ped.ent.gz | 128.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ped.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2ped_validation.pdf.gz | 981.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2ped_full_validation.pdf.gz | 1008.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2ped_validation.xml.gz | 25 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2ped_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2ped ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2ped | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1u19S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39057.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02699 |
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-糖 , 4種, 8分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
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#3: 多糖 | #4: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...beta-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #9: 糖 | ChemComp-HTG / |
-非ポリマー , 6種, 130分子
#5: 化合物 | ChemComp-HG / #6: 化合物 | ChemComp-ZN / #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PLM / #10: 化合物 | ChemComp-HTO / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.32 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 2.9M AMMONIUM SULFATE, 0.05M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 27964 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 56.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 8.27 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 1.06 / Num. unique all: 1615 / % possible all: 53.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1U19 解像度: 2.95→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 76.849 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→50 Å
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拘束条件 |
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