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万見
- PDB-2pea: NMR Based Structure of the Closed Conformation of LYS48-Linked Di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pea
タイトルNMR Based Structure of the Closed Conformation of LYS48-Linked Di-Ubiquitin Using Experimental Global Rotational Diffusion Tensor from NMR Relaxation Measurements
要素Ubiquitin
キーワードSIGNALING PROTEIN / UBIQUITIN / LYS48-LINKED DI-UBIQUITIN / POLYUBIQUITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / protein modification process => GO:0036211 / : / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency ...: / : / protein modification process => GO:0036211 / : / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Negative regulation of FLT3 / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / cytosolic ribosome / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of FZD by ubiquitination / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / p75NTR recruits signalling complexes / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / NF-kB is activated and signals survival / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Regulation of pyruvate metabolism / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / NRIF signals cell death from the nucleus / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / Regulation of PTEN localization / VLDLR internalisation and degradation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / Regulation of BACH1 activity / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Translesion synthesis by POLK / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Josephin domain DUBs / Translesion synthesis by POLI / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / TCF dependent signaling in response to WNT / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / Regulation of NF-kappa B signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Asymmetric localization of PCP proteins / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of signaling by CBL / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Fanconi Anemia Pathway / Peroxisomal protein import / Negative regulation of FGFR3 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Vpu mediated degradation of CD4 / Stabilization of p53 / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity
類似検索 - 分子機能
Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain ...Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Ryabov, Y. / Fushman, D.
引用
ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: Structural assembly of multidomain proteins and protein complexes guided by the overall rotational diffusion tensor.
著者: Ryabov, Y. / Fushman, D.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: An efficient computational method for predicting rotational diffusion tensors of globular proteins using an ellipsoid representation.
著者: Ryabov, Y. / Geraghty, C. / Varshney, A. / Fushman, D.
#2: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2007
タイトル: A Model of Interdomain Mobility in a Multidomain Protein
著者: Ryabov, Y. / Fushman, D.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structural Properties of Polyubiquitin Chains in Solution
著者: Varadan, R. / Walker, O. / Pickart, C. / Fushman, D.
履歴
登録2007年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1542
ポリマ－17,1542
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -structures with the lowest energy
代表モデルlowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin / UBIQUITIN


分子量: 8576.831 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG48*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N T1
12115N T2
131HETERONUCLEAR NOE
141HSQC
151TOCSY
161
171

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試料調製

詳細内容: DI-UBIQUITIN, 90% WATER/10% D20
試料状態イオン強度: 20mM / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298.0 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
ELMY.RYABOV, D.FUSHMAN構造決定
ELMY.RYABOV, D.FUSHMAN精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED WITH PROGRAM ELM USING COMPLETE ROTATIONAL DIFFUSION TENSOR OF DI-UBIQUITIN AS EXPERIMENTAL RESTRAINT FOR BOTH ORIENTATION AND POSITIONING OF THE INDIVIDUAL ...詳細: THE STRUCTURE WAS DETERMINED WITH PROGRAM ELM USING COMPLETE ROTATIONAL DIFFUSION TENSOR OF DI-UBIQUITIN AS EXPERIMENTAL RESTRAINT FOR BOTH ORIENTATION AND POSITIONING OF THE INDIVIDUAL UBIQUITIN DOMAINS WITHIN THE MOLECULE. UBIQUITIN DOMAINS WHERE ORIENTED BY A RIGID BODY ROTATION USING EXPERIMENTALLY DERIVED PRINCIPAL AXES FRAME OF THE DIFFUSION TENSOR (SEE REFERENCE 2). THE RELATIVE DOMAIN POSITIONS IN DI-UBIQUITIN WERE DETERMINED BY A RIGID BODY TRANSLATION USING ALL COMPONENTS OF THE EXPERIMENTALLY DERIVED ROTATIONAL DIFFUSION TENSOR AS RESTRAINTS. FOR EACH UBIQUITIN DOMAIN THE STRUCTURE OF THE FIRST CONFORMER OF PDB ENTRY 1D3Z WAS ASSUMED. THE DEPOSITED CONFORMATION REPRESENTS ONE OF THE TWO EXPERIMENTALLY DETECTABLE CONFORMATIONS OF DI-UBIQUITIN AT PH 6.8. THE OCCUPATION PROBABILITY OF THIS CONFORMATION IS APPROXIMATELY 90%. CHAIN A CORRESPONDS TO UBIQUITIN DOMAIN THAT HAS A FREE C-TERMINUS IN DI-UBIQUITIN. CHAIN B CORRESPONDS TO UBIQUITIN DOMAIN THAT IN DI-UBIQUITIN IS LINKED VIA AN ISOPEPTIDE BOND BETWEEN ITS C- TERMINAL GLY76 AND LYS48 OF CHAIN A. THE ISOPEPTIDE BOND WAS PRESENT IN THE DI-UBIQUITIN MOLECULE IN THIS STUDY. HOWEVER, BECAUSE THIS STRUCTURE WAS OBTAINED BY A RIGID BODY ROTATION AND TRANSLATION AND NO CONSTRAINTS REPRESENTING THE INTERDOMAIN LINKAGE WERE INCLUDED, THE ISOPEPTIDE LINKAGE IS NOT PRESENT IN THE STRUCTURE. FLEXIBLE C-TERMINI OF BOTH UBIQUTIN DOMAINS (RESIDUES 73-76)WERE EXCLUDED FROM THE NMR RATA ANALYSIS AND THEREFORE ARE NOT PRESENT IN THIS STRUCTURE.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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