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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pe4 | |||||||||
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タイトル | Structure of Human Hyaluronidase 1, a Hyaluronan Hydrolyzing Enzyme Involved in Tumor Growth and Angiogenesis | |||||||||
要素 | Hyaluronidase-1 | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / Hyaluronidase / Hyaluronan / EGF-like domain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hyaluranon cable / MPS IX - Natowicz syndrome / positive regulation of hyaluranon cable assembly / hyaluronan metabolic process / chondroitin sulfate catabolic process / hyaluronoglucosaminidase / hyaluronan synthase activity / embryonic skeletal joint morphogenesis / CS/DS degradation / positive regulation of growth ...hyaluranon cable / MPS IX - Natowicz syndrome / positive regulation of hyaluranon cable assembly / hyaluronan metabolic process / chondroitin sulfate catabolic process / hyaluronoglucosaminidase / hyaluronan synthase activity / embryonic skeletal joint morphogenesis / CS/DS degradation / positive regulation of growth / Hyaluronan uptake and degradation / hyalurononglucosaminidase activity / hyaluronan biosynthetic process / cellular response to pH / hyaluronan catabolic process / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cartilage development / cellular response to UV-B / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of epithelial cell migration / transcription factor binding / positive regulation of cell adhesion / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to interleukin-1 / lysosomal lumen / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to reactive oxygen species / response to virus / negative regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / cytoplasmic vesicle / positive regulation of cell growth / carbohydrate metabolic process / lysosome / inflammatory response / symbiont entry into host cell / response to antibiotic / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Chao, K.L. / Herzberg, O. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Structure of Human Hyaluronidase-1, a Hyaluronan Hydrolyzing Enzyme Involved in Tumor Growth and Angiogenesis 著者: Chao, K.L. / Muthukumar, L. / Herzberg, O. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pe4.cif.gz | 109.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pe4.ent.gz | 80.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pe4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pe4_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2pe4_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2pe4_validation.xml.gz | 22.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pe4_validation.cif.gz | 33.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pe4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/2pe4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1fcuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47414.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HYAL1, LUCA1 / プラスミド: pMT/BiP/Hyal1iso1 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): Schneider 2 cells / 参照: UniProt: Q12794, hyaluronoglucosaminidase |
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-糖 , 2種, 2分子
#2: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
-非ポリマー , 3種, 343分子
#4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1.5 M sodium chloride, 10% ethanol, 3% galactose, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: cryogenically cooled double crystal Si (220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2→30.65 Å / Num. all: 47955 / Num. obs: 47955 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.48 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 0.76 / Net I/σ(I): 14 / Scaling rejects: 3800 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1FCU 解像度: 2→30.65 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: TLS refinement with 2 groups
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原子変位パラメータ | Biso mean: 37.023 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30.65 Å
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拘束条件 |
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