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万見
- PDB-2pdr: 1.7 Angstrom Crystal Structure of the Photo-excited Blue-light Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pdr
タイトル1.7 Angstrom Crystal Structure of the Photo-excited Blue-light Photoreceptor Vivid
要素Vivid PAS protein VVD
キーワードCIRCADIAN CLOCK PROTEIN / LOV Domain / flavin / photoreceptor / circadian clock
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Vivid PAS protein VVD
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zoltowski, B.D. / Crane, B.R. / Bilwes, A.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Conformational switching in the fungal light sensor Vivid
著者: Zoltowski, B.D. / Schwerdtfeger, C. / Widom, J. / Loros, J.J. / Bilwes, A.M. / Dunlap, J.C. / Crane, B.R.
履歴
登録2007年4月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vivid PAS protein VVD
B: Vivid PAS protein VVD
C: Vivid PAS protein VVD
D: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1448
ポリマ－68,0024
非ポリマー3,1424
水9,008500
1
A: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7862
ポリマ－17,0011
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7862
ポリマ－17,0011
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7862
ポリマ－17,0011
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Vivid PAS protein VVD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7862
ポリマ－17,0011
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.970, 81.130, 64.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.94, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Vivid PAS protein VVD / Hypothetical protein NCU03967.1


分子量: 17000.510 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 37-184 / 変異: C71S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: vvd, G17A4.050 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9C3Y6
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30% PEG 5000 MME, 0.1M tri-sodium citrate, 0.1M ammonium acetate , pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
41001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.1
シンクロトロンNSLS X29A21.1
シンクロトロンNSLS X29A31.1
シンクロトロンNSLS X29A41.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年3月13日
ADSC QUANTUM 3152CCD2006年3月13日
ADSC QUANTUM 3153CCD2006年3月13日
ADSC QUANTUM 3154CCD2006年3月13日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
4Cryogenically cooled double crystal monochrometer with horizontal focusing sagittal bend second mono crystal with 4:1 magnification ratio and vertically focusing mirror.SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 59234 / Num. obs: 59234 / % possible obs: 82.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 18.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 13.31
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique all: 4525 / % possible all: 63.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PD7

2pd7


解像度: 1.7→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 6000 -Random
Rwork0.226 ---
all0.23 59190 --
obs0.23 59190 82.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4988 0 424 500 5912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.9191.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.4652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.5072
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.2062.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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