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- PDB-2pda: CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN PYRUVATE-FERREDOXIN OXID... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pda
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX BETWEEN PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE FROM DESULFOVIBRIO AFRICANUS AND PYRUVATE.
要素PROTEIN (PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
キーワードOXIDOREDUCTASE / PYRUVATE CATABOLISM / IRON-SULFUR CLUSTER / TPP-DEPENDENT ENZYME / COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate synthase / pyruvate synthase activity / thiamine pyrophosphate binding / electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 4 / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7 / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7 / : / Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, insertion domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain superfamily / Domain of unknown function ...Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 4 / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7 / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 7 / : / Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, insertion domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, EKR domain superfamily / Domain of unknown function / Domain of unknown function / Pyruvate-ferredoxin Oxidoreductase; domain 3 / Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, PFOR, domain III / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, core domain II / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase core domain II / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, pyrimidine binding domain / : / Pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase, thiamine diP-bdg / Pyruvate-flavodoxin oxidoreductase, central domain / Pyruvate/ketoisovalerate oxidoreductase, catalytic domain / Pyruvate ferredoxin/flavodoxin oxidoreductase / Rossmann fold - #920 / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRUVIC ACID / IRON/SULFUR CLUSTER / THIAMINE DIPHOSPHATE / Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio africanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chabriere, E. / Charon, M.H.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of the key anaerobic enzyme pyruvate:ferredoxin oxidoreductase, free and in complex with pyruvate.
著者: Chabriere, E. / Charon, M.H. / Volbeda, A. / Pieulle, L. / Hatchikian, E.C. / Fontecilla-Camps, J.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of the Pyruvate- Ferredoxin Oxidoreductase from Desulfovibrio Africanus
著者: Pieulle, L. / Chabriere, E. / Hatchikian, E.C. / Fontecilla-Camps, J.F. / Charon, M.H.
履歴
登録1998年11月10日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
B: PROTEIN (PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)270,67316
ポリマ－267,4082
非ポリマー3,26514
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31340 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area74850 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)86.000, 146.300, 211.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.995625, 0.04342, -0.08274), (0.041889, -0.584115, -0.812509), (-0.083525, -0.810509, 0.579741)
ベクター: -39.023, -68.059, -36.976)

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 PROTEIN (PYRUVATE-FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE)


分子量: 133703.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: COMPLEXED WITH IRON/SULFUR CLUSTER, THIAMIN DIPHOSPHATE, PYRUVIC ACID
由来: (天然) Desulfovibrio africanus (バクテリア) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 株: NCIB 8401 / 参照: UniProt: P94692, pyruvate synthase

-
非ポリマー , 6種, 28分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#5: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#6: 化合物 ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸


分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 %
結晶化pH: 6.2
詳細: PEG6000 11% MGCL2 100MM CACODYLATE 100MM PH 6.2 PYRUVATE 100MM
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 54 %
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Pieulle, L., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 329.
pH: 8.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
110 mg/mlprotein1droppH8.5
212-15 %PEG60001reservoir
3100 mM1reservoircan be replaced by 10mM BaCl2. CaCl2, CoCl2 or MnCl2.MgCl2
4100 mMsodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.997
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 50700 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 33.65 Å2 / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 96.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.098
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 96.1 % / Rmerge(I) obs: 0.179

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.854精密化
CCP4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.297 2475 5 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs-49492 94.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 12.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.3 Å2--
2--2.45 Å2-
3----8.75 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.36 Å
Luzzati d res low-4 Å
Luzzati sigma a0.76 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18764 0 116 14 18894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.21
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.052
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it0.822
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it1.322.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 316 5 %
Rwork0.2997 5900 -
obs--96.1 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARHCSDX.PRO / Topol file: TOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.854 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.234
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 12.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.76
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.61.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it0.822
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it1.052
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / Rfactor Rfree: 0.384 / % reflection Rfree: 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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