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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pcf | ||||||
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タイトル | THE COMPLEX OF CYTOCHROME F AND PLASTOCYANIN DETERMINED WITH PARAMAGNETIC NMR. BASED ON THE STRUCTURES OF CYTOCHROME F AND PLASTOCYANIN, 10 STRUCTURES | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (ELECTRON TRANSPORT PROTEINS) / ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / PARAMAGNETIC (常磁性) / CHEMICAL SHIFT / COMPLEX FORMATION (錯体) / DYNAMIC COMPLEX / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / PSEUDOCONTACT SHIFT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 chloroplast thylakoid membrane / 光合成 / electron transfer activity / iron ion binding / copper ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Spinacia oleracea (ホウレンソウ) Brassica rapa (カブラ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / DYNAMICS | ||||||
データ登録者 | Ubbink, M. / Ejdeback, M. / Karlsson, B.G. / Bendall, D.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: The structure of the complex of plastocyanin and cytochrome f, determined by paramagnetic NMR and restrained rigid-body molecular dynamics. 著者: Ubbink, M. / Ejdeback, M. / Karlsson, B.G. / Bendall, D.S. #1: ジャーナル: Protein Expr.Purif. / 年: 1997 タイトル: Effects of Codon Usage and Vector-Host Combinations on the Expression of Spinach Plastocyanin in Escherichia Coli 著者: Ejdeback, M. / Young, S. / Samuelsson, A. / Karlsson, B.G. #2: ジャーナル: Structure / 年: 1994 タイトル: Crystal Structure of Chloroplast Cytochrome F Reveals a Novel Cytochrome Fold and Unexpected Heme Ligation 著者: Martinez, S.E. / Huang, D. / Szczepaniak, A. / Cramer, W.A. / Smith, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pcf.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2pcf.ent.gz | 920.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pcf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pcf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pcf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10420.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ) 細胞内の位置: THYLAKOID LUMENチラコイド / 遺伝子: PETE / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / プラスミド: PSY2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): PETE / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P00289 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27318.189 Da / 分子数: 1 / Fragment: SOLUBLE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica rapa (カブラ) / 細胞内の位置: THYLAKOID MEMBRANEチラコイド / 遺伝子: PETE / Organelle: CHLOROPLAST葉緑体 / プラスミド: PSY2 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): PETE / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P36438 |
#3: 化合物 | ChemComp-CU / |
#4: 化合物 | ChemComp-HEC / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 15N-HSQC |
-試料調製
試料状態 | pH: 6.0 / 温度: 300 K |
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結晶化 | *PLUS 手法: その他 / 詳細: NMR |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
ソフトウェア |
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NMR software |
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精密化 | 手法: DYNAMICS / ソフトェア番号: 1 詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND BELOW AND IN THE JRNL CITATION ABOVE. | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: REFER TO PUBLICATION / 計算したコンフォーマーの数: 9999 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |