+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2pc5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Native crystal structure analysis on Arabidopsis dUTPase | ||||||
要素 | DUTP pyrophosphatase-like protein | ||||||
キーワード | HYDROLASE / dUTPase / Arabidopsis / Magnesium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / DNA repair / magnesium ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Moriyama, H. / Bajaj, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase from Arabidopsis thaliana. 著者: Bajaj, M. / Moriyama, H. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2pc5.cif.gz | 90 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2pc5.ent.gz | 66.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2pc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2pc5_validation.pdf.gz | 448.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2pc5_full_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2pc5_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2pc5_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/2pc5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1q5hS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | This molecule is a trimer. This entry contain complete biological unit. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17861.141 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: T6H20.30 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9STG6, dUTP diphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.56 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl pH 9.0, 0.02 M taurine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月13日 / 詳細: Blue |
放射 | モノクロメーター: Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19648 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 57.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Mean I/σ(I) obs: 37.9 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q5H 解像度: 2.2→21.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 6.028 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.947 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.46 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.259 Å / Total num. of bins used: 20
|