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万見
- PDB-2pa4: Crystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Corynebac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2pa4
タイトルCrystal structure of UDP-glucose pyrophosphorylase from Corynebacteria glutamicum in complex with magnesium and UDP-glucose
要素UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / phosphorylase / nucleotidyltransferase / metabolism
機能・相同性Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / :
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Holden, H.M. / Thoden, J.B.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Active site geometry of glucose-1-phosphate uridylyltransferase.
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2007年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年5月8日Group: Non-polymer description
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
B: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
C: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
D: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,58216
ポリマ－139,1234
非ポリマー2,46012
水9,782543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
C: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7918
ポリマ－69,5612
非ポリマー1,2306
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7940 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area23950 Å2
手法PISA, PQS
3
A: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
D: UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7918
ポリマ－69,5612
非ポリマー1,2306
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8050 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area23420 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)173.400, 47.600, 161.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a homo-tetramer comprised of chains A, B, C, and D as deposited in the pdb entry

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要素

#1: タンパク質
UTP-GLUCOSE-1-PHOSPHATE URIDYLYLTRANSFERASE


分子量: 34780.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
生物種: Corynebacterium glutamicum / 株: ATCC-13032 / 遺伝子: galU1 / プラスミド: pET31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)
参照: UniProt: Q6M6R3, UTP-glucose-1-phosphate uridylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス


分子量: 566.302 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O17P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 23% PEG-3400, 200 mM MgCl2, 200 mM NaCl, 10 mM UDP-glucose, 100 mM MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.99848 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromater Si-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 78712 / Num. obs: 78712 / % possible obs: 88.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique all: 5571 / Rsym value: 0.198 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
TNT精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 7841 -random
Rwork0.201 ---
all0.204 78303 --
obs0.204 78303 88.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8895 0 152 543 9590

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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