PDB-2p90: The crystal structure of a protein of unknown function from Coryn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2p90

タイトル

The crystal structure of a protein of unknown function from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032

要素

Hypothetical protein Cgl1923

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Corynebacterium glutamicum / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Rv2714-like / PAC-like subunit / Helix Hairpins - #100 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Zhang, R. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a protein of unknown function from Corynebacterium glutamicum ATCC 13032
著者: Zhang, R. / Duggan, E. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2007年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2p90.cif.gz	171.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2p90.ent.gz	137 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2p90.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2p90_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2p90_full_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示
XML形式データ	2p90_validation.xml.gz	34.6 KB	表示
CIF形式データ	2p90_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/2p90 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/2p90	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3e35-1 3bte-2 3js3-d 5hwn-d 4pl3-d 4tpi-2 4ayj-d 3btk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC86077

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical protein Cgl1923

B: Hypothetical protein Cgl1923

C: Hypothetical protein Cgl1923

106 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.834, 113.348, 117.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

This protein existed as trimer. The deposited molecules A,B,C represents the trimer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Hypothetical protein Cgl1923 分子量: 35288.176 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア) 生物種: Corynebacterium glutamicum / 株: DSM 20300, JCM 1318, LMG 3730, NCIMB 10025 / 遺伝子: Cgl1923, cg2106 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NP93
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Hypothetical protein Cgl1923

分子量: 35288.176 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 (バクテリア)
生物種: Corynebacterium glutamicum / 株: DSM 20300, JCM 1318, LMG 3730, NCIMB 10025 / 遺伝子: Cgl1923, cg2106 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NP93

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 326 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月12日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→81.65 Å / Num. all: 45418 / Num. obs: 45314 / % possible obs: 99.77 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.9 % / B_iso Wilson estimate: 51 Å² / R_merge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 24
反射シェル	解像度: 2.35→2.411 Å / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 0.807 / Mean I/σ(I) obs: 1.925 / % possible all: 99.28

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→81.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU ML: 0.159 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.274 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25119	2420	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19322	-	-	-
obs	0.19617	45314	99.77 %	-
all	-	45314	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.81 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.51 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.049 Å	0.048 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→81.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6269	0	0	326	6595

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	6407
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.537	1.973	8716
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.757	5	805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.641	24.467	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.671	15	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.893	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1000
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	2890
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.941	1.5	4152
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.629	2	6542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.474	3	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.991	4.5	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	162	-
R_work	0.24	3299	-
obs	-	-	99.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 28.5546 Å / Origin y: 42.7201 Å / Origin z: 34.2704 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0049 Å²	-0.015 Å²	-0.0154 Å²	-	-0.0379 Å²	0.0235 Å²	-	-	-0.0221 Å²
L	0.2447 °²	0.0279 °²	-0.1258 °²	-	0.139 °²	0.0062 °²	-	-	0.1718 °²
S	0.0225 Å °	0.0011 Å °	-0.0501 Å °	-0.0021 Å °	-0.0239 Å °	-0.0303 Å °	-0.0014 Å °	-0.0278 Å °	0.0014 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 50	6 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	51 - 100	51 - 100
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	101 - 150	101 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	151 - 200	151 - 200
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	201 - 240	201 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	241 - 274	241 - 274
7	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	8 - 50	8 - 50
8	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	51 - 100	51 - 100
9	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	101 - 150	101 - 150
10	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	151 - 200	151 - 200
11	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	201 - 240	201 - 240
12	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	241 - 278	241 - 278
13	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	7 - 50	7 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	51 - 100	51 - 100
15	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	101 - 150	101 - 150
16	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	151 - 200	151 - 200
17	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	201 - 240	201 - 240
18	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	241 - 274	241 - 274

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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