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- PDB-2p84: Crystal structure of ORF041 from Bacteriophage 37 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p84
タイトルCrystal structure of ORF041 from Bacteriophage 37
要素ORF041
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMICS RESEARCH CONSORTIUM / NYSGRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


YopX-like fold / YopX-like domain / YopX-like, N-terminal / YopX-like domains / Conserved hypothetical protein CHP1671 / YopX-like, C-terminal / YopX protein / YopX protein / SH3 type barrels. / Roll ...YopX-like fold / YopX-like domain / YopX-like, N-terminal / YopX-like domains / Conserved hypothetical protein CHP1671 / YopX-like, C-terminal / YopX protein / YopX protein / SH3 type barrels. / Roll / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Staphylococcus phage (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Thompson, D.A. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Lau, C. / Gilmore, J. ...Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Schwinn, K.D. / Thompson, D.A. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Reyes, C. / Lau, C. / Gilmore, J. / Rooney, I. / Wasserman, T. / Gheyi, S.R. / Emtage, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein from Staphylococcus phage 37
著者: Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Sauder, J.M. / Thompson, D.A. / Bain, K.T. / Adams, J.M. / Gheyi, T. / Lau, C. / Gilmore, J. / Wasserman, S.R. / Schwinn, K.D. / Emtage, S. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年3月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF041


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2911
ポリマ－17,2911
非ポリマー00
水1,838102
1
A: ORF041

A: ORF041


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5822
ポリマ－34,5822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area14380 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.470, 109.370, 57.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 ORF041


分子量: 17290.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Staphylococcus phage (ファージ) / 株: 37 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q4ZC86
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.01 %
結晶化温度: 295 K / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月16日 / 詳細: SGX-CAT
放射モノクロメーター: SGX-CAT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 13.6 % / Av σ(I) over netI: 1.2 / 数: 228867 / Rmerge(I) obs: 0.3 / Rsym value: 0.3 / D res high: 1.716 Å / D res low: 24.668 Å / Num. obs: 16818 / % possible obs: 98.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.4224.6798.810.1380.13811.8
3.835.4210010.1420.14213.2
3.133.8310010.160.1613.8
2.713.1310010.2040.20414
2.422.7110010.2910.29114.1
2.212.4210010.4390.43914.1
2.052.2110010.6330.63314.1
1.922.0510011.1151.11514.1
1.811.9210014.3354.33514
反射解像度: 1.8→24.668 Å / Num. obs: 16818 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.81→1.92 Å / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.3.0034精密化
SHELX精密化
CCP4精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→18.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 3.448 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 733 5 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.212 13993 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1118 0 0 102 1220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8161.9431582
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27831878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.3475138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.57224.9371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.71715201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.949156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2230.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021322
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.2610
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2290.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2140.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8721.5857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3031.5275
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20221081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0583597
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2084.5498
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 51 -
Rwork0.287 1000 -
obs--98.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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