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万見
- PDB-2p7u: The crystal structure of rhodesain, the major cysteine protease o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7u
タイトルThe crystal structure of rhodesain, the major cysteine protease of T. brucei rhodesiense, bound to inhibitor K777
要素Cysteine protease
キーワードHYDROLASE / cysteine protease / trypanosoma brucei / neglected disease
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site ...Domain of unknown function DUF3586 / Protein of unknown function (DUF3586) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / : / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D1R / Cysteine protease
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Brinen, L.S. / Marion, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Vinyl sulfones as antiparasitic agents and a structural basis for drug design.
著者: Kerr, I.D. / Lee, J.H. / Farady, C.J. / Marion, R. / Rickert, M. / Sajid, M. / Pandey, K.C. / Caffrey, C.R. / Legac, J. / Hansell, E. / McKerrow, J.H. / Craik, C.S. / Rosenthal, P.J. / Brinen, L.S.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4802
ポリマ－22,9031
非ポリマー5771
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.377, 39.716, 39.566
Angle α, β, γ (deg.)120.38, 93.89, 101.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Cysteine protease


分子量: 22903.188 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei rhodesiense (トリパノソーマ)
生物種: Trypanosoma brucei / 株: rhodesiense / 遺伝子: rhodesain / プラスミド: pPIC Z / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q95PM0
#2: 化合物 ChemComp-D1R / NALPHA-[(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)CARBONYL]-N-{(1S)-3-PHENYL-1-[2-(PHENYLSULFONYL)ETHYL]PROPYL}-L-PHENYLALANINAMIDE


分子量: 576.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H40N4O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.0 M Sodium citrate; imidazole pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 18751 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / Rmerge(I) obs: 0.147 / % possible all: 83.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F2A WITHOUT INHIBITOR OR WATERS, WITH SIDE CHAINS THAT DIFFER CUT BACK TO ALANINE

1f2a


解像度: 1.65→19.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 1.58 / SU ML: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.175 950 5.1 %RANDOM
Rwork0.135 ---
obs0.137 17747 89.47 %-
all-51956 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.17 Å20.51 Å2
2---0.41 Å20.28 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1626 0 41 169 1836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0211714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021081
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6731.9512342
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6653.0052656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6715220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.84326.70979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.81215249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.611152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02325
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.21115
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.2847
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.2812
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.285
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5431.51369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3441.5450
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.90421712
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.173768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5934.5627
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 70 -
Rwork0.199 1211 -
obs--83.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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