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万見
- PDB-2p7f: The Novel Use of a 2',5'-Phosphodiester Linkage as a Reaction Int... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2p7f
タイトルThe Novel Use of a 2',5'-Phosphodiester Linkage as a Reaction Intermediate at the Active Site of a Small Ribozyme
要素
  • Loop A ribozyme strand
  • Loop B S-turn strand
  • Loop B ribozyme strand
  • substrate strand
キーワードRNA / hairpin ribozyme / 2' / 5' phosphodiester / vanadate / reaction intermediate / transition-state stabilization / active site waters / induced fit
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Torelli, A.T. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E.
引用
ジャーナル: Rna / 年: 2007
タイトル: A comparison of vanadate to a 2'-5' linkage at the active site of a small ribozyme suggests a role for water in transition-state stabilization
著者: Torelli, A.T. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Water in the active site of an all-RNA hairpin ribozyme and effects of Gua8 base variants on the geometry of phosphoryl transfer.
著者: Salter, J. / Krucinska, J. / Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Wedekind, J.E.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Conformational heterogeneity at position U37 of an all-RNA hairpin ribozyme with implications for metal binding and the catalytic structure of the S-turn.
著者: Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Krucinska, J. / Kundracik, M.L. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2007年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: substrate strand
B: Loop A ribozyme strand
C: Loop B ribozyme strand
D: Loop B S-turn strand
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9527
ポリマ－19,5344
非ポリマー4183
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.1, 94.1, 127.2
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The ribozyme-substrate complex in the asymmetric unit also represents the biological unit

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD

#1: RNA鎖 substrate strand


分子量: 4036.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA
#2: RNA鎖 Loop A ribozyme strand


分子量: 3970.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA
#3: RNA鎖 Loop B ribozyme strand


分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA
#4: RNA鎖 Loop B S-turn strand


分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA

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非ポリマー , 3種, 18分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 250 mM Li2SO4, 2.5 mM [Co(NH3)6]Cl3, 2 mM spermidine-HCl, 15 mM nicotinic acid, 100 mM sodium HEPES buffer and 20.5% PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Li2SO411
2[Co(NH3)6]Cl311
3spermidine-HCl11
4nicotinic acid11
5sodium HEPES11
6PEG 2000 MME11
7Li2SO412
8spermidine-HCl12
9PEG 2000 MME12
10sodium HEPES12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→40.76 Å / Num. all: 14321 / Num. obs: 14321 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.92 % / Biso Wilson estimate: 90.5 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.32 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
Blu-Iceデータ収集
CNS精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1ZFR

1zfr
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.35→29.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 776924.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: Parkinson et al. Acta Cryst.D,52,57 (1996)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 724 5.1 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all0.226 14313 --
obs0.226 14313 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 81.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.01 Å2-2.59 Å20 Å2
2---13.01 Å20 Å2
3---26.02 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.48 Å
Luzzati d res low-40.76 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1310 19 15 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.516 113 4.9 %
Rwork0.475 2203 -
obs--99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1dna-rnaATTdna-rnaATT
X-RAY DIFFRACTION2cobalt.parcobalt.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5&_1_PARAMETER_INFILE_5&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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