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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p7f | ||||||
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タイトル | The Novel Use of a 2',5'-Phosphodiester Linkage as a Reaction Intermediate at the Active Site of a Small Ribozyme | ||||||
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![]() | RNA / hairpin ribozyme / 2' / 5' phosphodiester / vanadate / reaction intermediate / transition-state stabilization / active site waters / induced fit | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Torelli, A.T. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A comparison of vanadate to a 2'-5' linkage at the active site of a small ribozyme suggests a role for water in transition-state stabilization 著者: Torelli, A.T. / Krucinska, J. / Wedekind, J.E. #1: ![]() タイトル: Water in the active site of an all-RNA hairpin ribozyme and effects of Gua8 base variants on the geometry of phosphoryl transfer. 著者: Salter, J. / Krucinska, J. / Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Wedekind, J.E. #2: ![]() タイトル: Conformational heterogeneity at position U37 of an all-RNA hairpin ribozyme with implications for metal binding and the catalytic structure of the S-turn. 著者: Alam, S. / Grum-Tokars, V. / Krucinska, J. / Kundracik, M.L. / Wedekind, J.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 32.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The ribozyme-substrate complex in the asymmetric unit also represents the biological unit |
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要素
-RNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: RNA鎖 | 分子量: 4036.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3970.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA |
#3: RNA鎖 | 分子量: 5535.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA |
#4: RNA鎖 | 分子量: 5991.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: sequence occurs naturally in tobacco ringspot virus satellite RNA |
-非ポリマー , 3種, 18分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NCO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
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#6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 250 mM Li2SO4, 2.5 mM [Co(NH3)6]Cl3, 2 mM spermidine-HCl, 15 mM nicotinic acid, 100 mM sodium HEPES buffer and 20.5% PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月21日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97945 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→40.76 Å / Num. all: 14321 / Num. obs: 14321 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.92 % / Biso Wilson estimate: 90.5 Å2 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5.32 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1ZFR ![]() 1zfr 解像度: 2.35→29.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 776924.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: Parkinson et al. Acta Cryst.D,52,57 (1996)
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 81.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.049 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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