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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2p74 | |||||||||
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タイトル | CTX-M-9 class A beta-lactamase apo crystal structure at 0.88 Angstrom resolution | |||||||||
![]() | Beta-lactamase CTX-M-9a | |||||||||
![]() | HYDROLASE / CTX-M / beta-lactamase / acylation / ESBL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, Y. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The Acylation Mechanism of CTX-M beta-Lactamase at 0.88 A Resolution. 著者: Chen, Y. / Bonnet, R. / Shoichet, B.K. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 359 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 298 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1yljS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27955.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: potassium phosphate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.88→22 Å / Num. all: 349567 / Num. obs: 310765 / % possible obs: 88.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.032 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 0.88→0.91 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 28059 / % possible all: 80.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 1YLJ 解像度: 0.88→10 Å / Num. parameters: 48641 / Num. restraintsaints: 62998 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: Riding hydrogens were added by SHELX automatically. Hydrogen atoms on the end groups of SER, THR, TYR and LYS were modeled when observed above 1.5 sigma in the Fo-Fc map.
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Refine analyze | Num. disordered residues: 201 / Occupancy sum hydrogen: 3805.05 / Occupancy sum non hydrogen: 4834.64 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.88→10 Å
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拘束条件 |
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